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Science | 揭开"隐性课程"
李雷廷 2019-5-22 21:39
【本文翻译自 2019 年 5 月 17 日发表于 Science 杂志的短文 Uncovering the hidden curriculum,原作者为康奈尔大学的博士生Janani Hariharan,原文网址:https://doi.org/10.1126/science.364.6441.702】 我走向教授,心扑通地跳。“我们可以谈论一下小组讨论吗?”我犹豫地问道。我硕士学位多数课程的 ...
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Science | 为科学歌唱
李雷廷 2019-5-16 23:28
【本文翻译自 2019 年 5 月 3 日 发表于 Science 杂志 Working Life 专栏的短文 Singing for science,原作者为哥伦比亚大学的博士研究生 Mike Z. He,原文 DOI: 10.1126/science.364.6439.506 】 午夜醒来,辗转难眠,感觉我到了人生的最低谷,对于完成博士学位几乎无望。在同意放弃唱歌后仅过八天,感觉却像是永 ...
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Plant Cell | 花分生组织中抑制 WUSCHEL 基因表达的分子机制
李雷廷 2019-5-13 13:57
2019 年 5 月 8 日,Plant Cell 杂志上报到了题为“Integration of transcriptional repression and Polycomb-mediated silencing of WUSCHEL in floral meristems” 的论文。 通过对 WUSCHEL (WUS) 基因的定时抑制, 拟南芥花分生组织在心皮原基出现后停止生长,这对于植物干细胞的维持是必要的。在花发 ...
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ASTRAL-MP:通过随机化和并行化将 ASTRAL 扩展到非常大的数据集
李雷廷 2019-3-31 23:15
01 — 2019 年 3 月 23 日,Bioinformatics 杂志上在线发表了由加州大学圣地亚哥分校 Siavash Mirarab 实验室完成的 ASTRAL-MP 软件。这个软件的主要功能是 通过大量基因树推断物种树 (进 化基因组学)。相比于之前版本的 ASTRAL 软件,ASTRAL-MP 可以通过并行运算的方式处理更大的数据集。 02 — ...
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GenomeWarp: 不同 assembly 之间高效转换 gVCF 文件的坐标
李雷廷 2019-3-28 12:07
01 — 2019 年 3 月 27 日,Bioinforamtics 杂志上在线发表了由 Verily 生命科学公司、Google 公司和卡耐基·梅隆大学的学者完成的 GenomeWarp 工具,是一个基于 alignment 的变异数据坐标转换工具。GenomeWarp 相比于其它同类软件的优势在于可以精确转换 gVCF 格式的文件。 02 — 大家在使用 GATK ...
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FLAS: 快速、高通量的 PacBio long read 自矫正算法
李雷廷 2019-3-22 21:07
01 — 2019 年 3 月 21 日,Bioinformatics 杂志上发表了北京交通大学、北京理工大学和美国加州大学河边分校的学者完成的关于 PacBio long read 的自矫正算法,命名为 FLAS,特点为速度较快、通量较高。 02 — 三代测序平台 PacBio 产生的 long read 因其非常大的 read 长度而大大帮助了测序项目。但 ...
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PopLDdecay: 基于 VCF 文件的快速、高效计算连锁不平衡的工具
李雷廷 2019-3-20 09:37
01 — 2018 年 10 月 15 日,Bioinformatics 杂志上在线发表了 PopLDdecay 软件,用于分析连锁不平衡的衰减(Linkage disequilibrium (LD) decay)。PopLDdecay 可以直接读取 VCF 文件,相比于计算 LD 常用的 PLINK 软件,这一特点简化了格式转换的繁琐。 02 — 连锁不平衡的衰减(Linkage disequili ...
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利用 Chrome 浏览器提取 PDF 文档
热度 2 李雷廷 2019-3-4 14:13
PDF 文档的使用范围很广,但有的时候需要提取 PDF 文档却茫然无所适从。Adobe Acrobat Pro 是一个专业处理 PDF 文档的工具,可以方便地实现这一功能,但因其较高的价格,普及率并不高。许多在线工具也可以做到,只是有的版式混乱,有的网速较慢,不太方便。其实仅仅使用很常见的 Chrome 浏览器就可以实现这一目的。非常简 ...
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安装 MareyMap 软件
李雷廷 2019-1-31 14:07
MareyMap 是一个基于 R 语言的有图形界面的用于估计基因组重组率的软件( Rezvoy et al, 2007 )。具体安装环境为,操作系统版本 OS X Yosemite (10.10.4);R 语言版本: version 3.2.2;MareyMap 软件版本 version 1.3.1。 首先,从 CRAN (The Comprehensive R Archive Network)网站上下载 MareyMap 最新版 ...
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安装 Picard 软件
李雷廷 2019-1-31 14:06
操作系统为 CentOS 6.5。 首先,从 Github 网站上下载最新版本的 Picard 软件包。看到 Picard 需要的 Java 版本为 1.8,而服务器的 Java 版本太低。于是,从 Java 官网下载最新版本的 JDK (Java SE Development Kit, Linux x86_64, rpm 版本),安装后还是不能正常运行。 利用 rpm -q -a | ...
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