MareyMap 是一个基于 R 语言的有图形界面的用于估计基因组重组率的软件（Rezvoy et al, 2007）。具体安装环境为，操作系统版本 OS X Yosemite (10.10.4)；R 语言版本: version 3.2.2；MareyMap 软件版本 version 1.3.1。

首先，从 CRAN （The Comprehensive R Archive Network）网站上下载 MareyMap 最新版本（version 1.3.1）的源代码包。利用R语言图形界面自带的安装包的工具从本地安装，出现了第一个错误：

ERROR: failed to lock directory ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library’ for modifying
Try removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/00LOCK-MareyMap’

通过 StackOverFlow 上一个题为 R install.packages returns “failed to create lock directory” 的帖子看到 可以用命令 R CMD INSTALL --no-lock <pkg> 安装。不过尝试过后还是又出现了第二个错误

*** caught segfault *** address 0x998, cause 'memory not mapped'

搜索这一错误，在 StackOverFlow 上找到一个题为 caught segfault error in R的帖子，给出的建议是先删掉所有已经安装的包，再重新安装，命令如下：

ip <- installed.packages()
pkgs.to.remove <- ip[!(ip[,"Priority"] %in% c("base", "recommended")), 1]
sapply(pkgs.to.remove, remove.packages)

很遗憾遇到了第三个错误：

Removing package from ‘/Users/leiting/Library/R/3.2/library’  
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in find.package(pkgs, lib) : there is no package called ‘acepack’

根据前面的删除所有包再安装的思路，以及另外一篇同样思路的帖子 Reset R’s library to base packages only (remove all installed contributed packages)，这篇帖子给出的代码：

path.lib <- "path/to/R/lib" pkgs.to.remove <- readLines(path.to.index.file) 
sapply(pkgs.to.remove, uninstall.packages, lib=path.lib)

综合两篇帖子，修改代码为

ip <- installed.packages()
path.lib <- "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library"pkgs.to.remove <- ip[!(ip[,"Priority"] %in% c("base", "recommended")), 1]
sapply(pkgs.to.remove, uninstall.packages, lib=path.lib)

尝试安装 MareyMap，发现缺少 tkrplot 包，安装之

R CMD INSTALL tkrplot_0.0-23.tar

再尝试安装 MareyMap，发现还是存在 “lock directory” 的问题，采用前面提到的解决方法：

R CMD INSTALL --no-lock MareyMap_1.3.1.tar.gz

安装成功。

总结：有时卸载掉所有已安装的 R 程序包，再重新安装，不失为一种有效的策略。

参考文献

Rezvoy C, Charif D, Guéguen L, Marais GAB. 2007. MareyMap: an R-based tool with graphical interface for estimating recombination rates. Bioinformatics 23(16): 2188-2189.