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miRNA靶基因识别之DirectTarget: 张俊鹏 2021-12-21 09:30; 写在前面上次说了基于 IDA （ I ntervention calculus when the D AG is A bsent ）因果推理方法识别 miRNA 靶基因（ miRNA 靶基因识别之 IDA ）。这次继续说基于 IDA 因果推理识别 miRNA 靶基因，方法为 DirectTarget 。 01 — 动机以往识别 miRNA 靶基因往往是直接和间接调控 ...; 个人分类: 科普|2184 次阅读|没有评论

EMT，你怎么那么多调控因子！: 张俊鹏 2021-12-17 10:13; 写在前面在前面文章（ miRNA 与 EMT ）中，已经介绍了 EMT （ Epithelial-Mesenchymal Transition ）基本概念及其相关的 miRNAs 。这次，通过一篇评论论文（图 1 ， Bracken, C.P., Goodall, G.J. The many regulators of epithelial − mesenchymal transition. Nat Rev Mol Cell Biol (2021). https:// ...; 个人分类: 科普|3655 次阅读|没有评论

miRNA靶基因识别之IDA: 张俊鹏 2021-12-16 09:31; 写在前面在前面文章（ miRNA 靶基因识别）中， miRNA 靶基因识别方法大致划分为相关分析法、回归分析法、贝叶斯网络法和因果推理法等。本次就专门说一下基于 IDA （ I ntervention calculus when the D AG is A bsent ）因果推理方法识别 miRNA 靶基因。有关因果推理方法简介参见以前文章（你想了解因果 ...; 个人分类: 科普|2785 次阅读|没有评论

听说你想了解生物信息学？: 张俊鹏 2021-12-14 10:05; 目前，生物信息学（ Bioinformatics ）概念还未统一。根据百度百科（ https://baike.baidu.com/item/%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF%E5%AD%A6/207195 ）定义，生物信息学是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合 ...; 个人分类: 科普|3081 次阅读|没有评论

你看同行评审意见与作者回复吗？: 张俊鹏 2021-12-11 08:27; 写在前面随着开放获取（ Open Access ）学术论文出版方式的进一步普及，学术论文的附件信息越来越丰富了。近年来，这些附件信息中出现了 Peer Review （同行评审）文件的身影。该文件记录了学术论文的同行评审意见以及作者对这些评审意见的点对点回复。如果遇到自己感兴趣的学术论文，翻看 Peer Review 文件还是挺有 ...; 个人分类: 科普|3193 次阅读|没有评论

单细胞水平miRNA调控: 张俊鹏 2021-12-9 07:24; 写在前面在前面聊 miRNA 调控的计算机方法时（ miRNA 靶基因识别， miRNA 靶基因识别：下一步），所利用的转录组数据都是群细胞（ bulk-cell ）基因表达数据。在群细胞内，基因表达是一群细胞“合唱”的结果。然而，事实上每个细胞都是独一无二的。为了获取每个细胞“独唱”结果，单细胞测序技术应运而生。 ...; 个人分类: 科普|3501 次阅读|没有评论

miRNA协作之因果推理方法: 张俊鹏 2021-12-7 15:56; 写在前面在上次，介绍了识别 miRNA 协作的方法 MFSN （ miRNA 协作之 MFSN ）。 miRNA 协作的计算机方法还是有一些，这次就介绍两个基于因果推理的 miRNA 协作识别方法。一个是模拟单基因敲除因果推理方法 mirSRN ，另外一个是模拟多基因敲除因果推理方法 miRsyn 。 01 — 模拟单基因敲 ...; 个人分类: 科普|2283 次阅读|没有评论

图标与插画网站推荐一个: 张俊鹏 2021-12-4 11:16; 写在前面早前，已推荐了流程图软件 Visio （流程图软件推荐一款）。有时候，画流程图需要素材（例如图表与插画），这些素材可能在 Visio 内找不到。这次就介绍一个免费的图标与插画网站： Iconfinder （如图 1 ， https://www.iconfinder.com/ ），辅助画出更好看的流程图或示意图。 ...; 个人分类: 科普|2620 次阅读|没有评论

miRNA协作之MFSN: 张俊鹏 2021-12-2 11:24; 写在前面在上次，我们说了 miRNA 协作的概念和存在的合理性（ miRNA 协作）。可能就会有人问，从生物信息学角度如何识别 miRNA 协作呢？这次，就介绍一种识别方法： MFSN 。 01 — MFSN MFSN （ miRNA– miRNA functional synergistic network ）是较早识别 miRNA 协作的生物信息学 ...; 个人分类: 科普|2687 次阅读|没有评论

miRNA协作: 张俊鹏 2021-11-30 09:26; 写在前面一个 miRNA 可以调控多个靶基因，一个靶基因也可以被多个 miRNAs 所调控。根据映射关系， miRNA 与靶基因是多对多（ many-to-many ）调控与被调控关系。这里多对多关系就隐含了 miRNA 之间存在协同互作来靶向下游基因，这就是今天要说的 miRNA 协作。 01 — 社会协作在谈论miRNA协作 ...; 个人分类: 科普|2408 次阅读|没有评论

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