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miRNA协作之MFSN

已有 1355 次阅读 2021-12-2 11:24 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

写在前面

在上次,我们说了miRNA协作的概念和存在的合理性(miRNA协作)。可能就会有人问,从生物信息学角度如何识别miRNA协作呢?这次,就介绍一种识别方法:MFSN

 

01

MFSN

MFSNmiRNA– miRNA functional synergistic network)是较早识别miRNA协作的生物信息学方法,出自如图1NAR文献。

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1 MFSN论文

 

对于MFSN方法,识别miRNA协作的主体思路比较简单(如图2)。首先给定两个miRNAsAB),使用前面所说的miRNA靶基因数据库(miRNA靶基因之实验验证型数据库miRNA靶基因之预测型数据库miRNA靶基因之综合型数据库),找到两个miRNAs共享的靶基因。其次,借助GO富集分析(本文主要是GO生物过程富集分析)识别两个miRNAs共享靶基因可能富集的显著性GO生物过程。再次,利用PPIProtein-Protein Interaction)互作信息,进一步过滤共享靶基因的显著性GO生物过程。最后,如果两个miRNAs共享的靶基因至少与一个显著性GO生物过程相关,那么这两个miRNAs就存在协作。

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2 miRNA协作识别流程

 

02

miRNA协作功能

识别完miRNA协作后,接下来大家就比较关心它们到底有没有什么生物功能。从生物信息信息学角度,MFSN方法发现miRNA协作及其模块与疾病和生物过程是功能性相关的。例如,MFSN给出以下例子(图3)。但它们最终是否真的与这些生物功能相关,肯定需要金标准生物实验来验证。

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3 miRNA协作及其模块功能

 

后话

MFSN的介绍就是这么多,我想说的是,该方法能够移植的地方。首先,功能富集分析不仅仅GO,还可以是KEGGReactomeCancer以及MeSH(Medical Subject Headings))等条目。其次,miRNA只是非编码RNA之一,既然miRNA间存在协作,那么其他非编码RNA也应该存在协作。这样一来,完全可以泛化成RNA-RNA协作。

 

参考文献:

[1] Xu J, Li CX, Li YS, et al. MiRNA-miRNA synergistic network: construction via co-regulating functional modules and disease miRNA topological features. Nucleic Acids Res. 2011;39(3):825-836. doi:10.1093/nar/gkq832

 

更多背景知识如下:

1. miRNA是何方神圣?

2. What?植物miRNA能够调控动物靶基因?

3. miRNA也走非主流路线!

4. Tools4miRs:只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

8. miRNA富集分析之TAM

9. miRNA富集分析之miEAA

10. miRNA富集分析之clusterProfiler

11.miRNA靶基因识别

12. miRNA靶基因识别:下一步

13. miRNA靶基因之实验验证型数据库

14. miRNA靶基因之预测型数据库

15. miRNA靶基因之综合型数据库

16. miRNA靶基因之miRLAB

17. miRNA靶基因之miRBaseConverter

18. miRNATF互为调控

19. miRNA与人类疾病

20. miRNA靶基因与人类疾病

21. miRNAEMT

22. miRNA协作

 

号外,ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/

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1 宁利中

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