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miRNA协作

已有 779 次阅读 2021-11-30 09:26 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

写在前面

一个miRNA可以调控多个靶基因,一个靶基因也可以被多个miRNAs所调控。根据映射关系,miRNA与靶基因是多对多(many-to-many)调控与被调控关系。这里多对多关系就隐含了miRNA之间存在协同互作来靶向下游基因,这就是今天要说的miRNA协作。 

01

社会协作

在谈论miRNA协作之前,先说说社会协作。根据定义,社会协作(collaborationcooperationcoordination)是指在目标实施过程中,个人与个人之间、部门与部门之间的协调与配合,强调整体性。其内容分主要分为资源、技术、配合和信息四个方面的协作。详细词条见百度百科(https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%8F%E4%BD%9C/6845385?fr=aladdin)。

 

举个简单例子,维基百科和百度百科就是资源和信息方面的社会协作成果,里面涉及很多人参与。一般来说,总体目标比较大,每个人擅长领域和分工又有所不同。因此,社会协作成为高质量完成总体目标的必然途径和有效手段。

 

02

miRNA协作

宏观层次的社会协作大家都有所耳闻,也都知道其重要性。在分子层面,自私基因其实也存在协作(部分可以参考英国演化理论学者理查德·道金斯创作的经典著作《自私的基因》,图1)。其中,miRNA协作就是基因协作的一种。

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1 自私的基因

 

miRNA协作是指为完成特定生物功能,多个miRNAs以协调与配合方式靶向下游基因。先看个例子,图2表示mir-17-92家族中的多个miRNAs相互协作靶向下游基因,实现细胞增殖、细胞凋零和血管生成生物过程。需要注意的是,上游转录因子(E2F1E2F2 E2F3)也以协作方式调控mir-17-92家族。

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2 miRNA协作(Olive V, et al. Int J Biochem Cell Biol. 2010;42(8):1348–1354.


后话

miRNA协作只是基因协作的一种,这种协作方式必然也在其他RNA分子中广泛存在。毕竟,单个基因的力量犹如蚍蜉撼树。

 

参考文献:

[1] Olive V, Jiang I, He L. mir-17-92, a cluster of miRNAs in the midst of the cancer network. Int J Biochem Cell Biol. 2010;42(8):1348-1354. doi:10.1016/j.biocel.2010.03.004

[2] Dawkins R, Davis N. The selfish gene. Macat Library, 2017.

 

更多背景知识如下:

1. miRNA是何方神圣?

2. What?植物miRNA能够调控动物靶基因?

3. miRNA也走非主流路线!

4. Tools4miRs:只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

8. miRNA富集分析之TAM

9. miRNA富集分析之miEAA

10. miRNA富集分析之clusterProfiler

11.miRNA靶基因识别

12. miRNA靶基因识别:下一步

13. miRNA靶基因之实验验证型数据库

14. miRNA靶基因之预测型数据库

15. miRNA靶基因之综合型数据库

16. miRNA靶基因之miRLAB

17. miRNA靶基因之miRBaseConverter

18. miRNATF互为调控

19. miRNA与人类疾病

20. miRNA靶基因与人类疾病

21. miRNAEMT

 

号外,ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流,我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/

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