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R语言构建遗传距离似的矩阵表格

已有 5629 次阅读 2014-4-24 15:29 |个人分类:我的研究|系统分类:科研笔记| R语言, 矩阵, 表格, 构建, 遗传距离

R语言构建遗传距离似的矩阵表格

 

#作者信息

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

 

# 预装函数

#有时候我们需要做一组数据内部的两两比较,比较结果的呈现通常有两种方式,一种是类似于系统发育生物学上常常用到的遗传距离矩阵风格;另外一种则是双列式的表格。下面我们撰写的两个R语言函数分别能够完成两种风格矩阵的构建。

#原始代码已在发布24小时后删除。



#使用方法

 

Step 1 首先需要准备一个名录文件,.txt格式

 

Step 2 相关R函数应用

> taglist =  readLines("taglistB.txt")

> mat = Genetic_matrixA(taglist)

> write.csv(mat,"Genetic matrix—方表.csv")

 

> mat = Genetic_matrixB(taglist)

> write.csv(mat,"Genetic matrix-竖表.csv")



 

 

 




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