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用随机过程模型研究DNA聚合酶的工作机制

已有 1891 次阅读 2018-9-24 13:41 |个人分类:DNA聚合酶|系统分类:科研笔记| DNA聚合酶, 随机过程

更多背景见:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=485752&do=blog&quickforward=1&id=1123379

DNA聚合酶的聚合剪切过程可以看作一个随机过程模型:

考虑共聚反应:

1.png

若将DNA聚合酶聚合过程的正确配对错误配对分别看作两种单体,则得到一个生命体内的共聚问题:

2.png

进一步,考虑剪切过程,可以得到这样的一个方形图:

3.png

这样的一个随机过程模型,

4.png

5.png

我们发现,这里剪切位点切除反应的存在导致n体项概率变量的方程依赖于n + 1体项的概率变量,导致关于这些变量的方程耦合在一起,很难求解。

在定态情况下,我们可以得到关于无穷个变量的无穷个方程组。

但其实,该模型中存在一个因子化的关系:

6.png

从而,可以得到一组封闭的方程组。可以求出所有变量,表示成反应速率的函数。

该因子化关系,首先在不含剪切的共聚系统下找到,这里只是一个推广。



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