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群体遗传学中需要解决的一个基本科学问题就是群体结构的推断,群体结构推断软件众多,FastStructure作为Structure软件的升级版本,可以对大量数据进行分析且速度较快,但是在手动安装上可能有点小问题,本文就FastStructure的安装步骤进行了整理,以便该软件能顺利安装和使用。 本安装步骤是在Ubuntu系统下进行的。
一、安装软件需要的依赖包和库文件
需要安装的包括:Cython、Scipy、Numpy、matplotlib,gsl(GNU Scientific Library)
①sudo apt-get install cython;②sudo apt-get install python-scipy;③sudo apt-get install python-numpy
④sudo apt-get install python-matplotlib;⑤sudo apt-get install libgsl0-dev
二、下载并安装
wet --no-check-certificate https://github.com/rajanil/fastStructure/archive/master.tar.gz
tar -zxvf master.tar.gz
rm master.tar.gz
cd fastStructure-master/
python2 setup.py build_ext --inplace
cd vars/
python2 setup.py build_ext --inplace
whereis matplotlibrc
若是默认安装则会显示/etc/matplotlibrc
sudo chmod 777/etc/matplotlibrc
查看 /etc/matplotlibrc并修改backend :agg
END!
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