Yaogang的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/Yaogang

博文

群体结构推断软件FastStruture的详细安装说明

已有 3069 次阅读 2020-12-6 13:48 |个人分类:生信软件安装|系统分类:科研笔记

群体遗传学中需要解决的一个基本科学问题就是群体结构的推断,群体结构推断软件众多,FastStructure作为Structure软件的升级版本,可以对大量数据进行分析且速度较快,但是在手动安装上可能有点小问题,本文就FastStructure的安装步骤进行了整理,以便该软件能顺利安装和使用。 本安装步骤是在Ubuntu系统下进行的。


一、安装软件需要的依赖包和库文件

需要安装的包括:Cython、Scipy、Numpy、matplotlib,gsl(GNU Scientific Library)

①sudo apt-get install cython;②sudo apt-get install python-scipy;③sudo apt-get install python-numpy

④sudo apt-get install python-matplotlib;⑤sudo apt-get install libgsl0-dev

二、下载并安装

  1. wet --no-check-certificate https://github.com/rajanil/fastStructure/archive/master.tar.gz

  2. tar -zxvf master.tar.gz

  3. rm master.tar.gz

  4. cd fastStructure-master/

  5. python2 setup.py build_ext --inplace

  6. cd vars/

  7. python2 setup.py build_ext --inplace

  8. whereis matplotlibrc

  9. 若是默认安装则会显示/etc/matplotlibrc

  10. sudo chmod 777/etc/matplotlibrc

  11. 查看 /etc/matplotlibrc并修改backend    :agg

  12. END!



https://blog.sciencenet.cn/blog-3459184-1261356.html


下一篇:全基因组复制/多倍化事件/古多倍化事件/WGD推断方法的小结
收藏 IP: 210.72.88.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-5-20 20:22

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部