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基因家族聚类软件Orthofinder的报错与解决措施-2022.12.02

已有 5084 次阅读 2022-12-2 22:47 |个人分类:数据分析|系统分类:科研笔记

   报错1

  报错内容:ERROR: external program called by OrthoFinder returned an error code: 1

  解决措施:

  降低orthofinder版本

  删除氨基酸序列中的点或把点替换为X,sed -i '/^>/!s/\./X/g' filename.fasta

   报错2

  报错内容:IOError: [Errno 2] No such file or directory: '/home/your_path/OrthoFinder/Results_Apr29/WorkingDirectory/Blast4_2.txt'

  解决措施:检查输入文件的蛋白文件

   报错3

  报错内容:nError: Error reading input stream at line 22022: Invalid character (.) in sequence\n'

  解决措施:删除氨基酸序列中的点或把点替换为X(未知氨基酸),sed -i '/^>/!s/\./X/g' filename.fasta




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