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基因组注释工具MAKER的报错与解决措施-2022.12.02

已有 4183 次阅读 2022-12-2 22:37 |个人分类:数据分析|系统分类:科研笔记

   报错1

  报错内容:ERROR: Could not determine if DFam is installed

  解决措施:

  export LIBDIR=/your_path/envs/maker/share/RepeatMasker/Matrices

  export LIBDIR=/your_path/envs/maker/share/RepeatMasker/Libraries

   报错2

  报错内容:/your_path/maker/bin/perl: symbol lookup error: /your_path/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/auto/Acme/Damn/Damn.so: undefined symbol: Perl_xs_apiversion_bootcheck

  解决措施:多个perl环境调用导致的冲突,只需要在一个环境变量的配置文件中注释掉perl的环境并令其生效即可

   报错3

  报错内容:不能检测到augustus的物种模型

  解决措施:

  把MAKER依赖的augustus的/config/species目录下的物种模型目录的名称放到opts的配置文件中

  把MAKER依赖的augustus的/config/species目录下的物种模型目录的绝对路径放到opts的配置文件中

  这是一种①②都不能解决的情况

   报错4

  报错内容:

  Species "all" is not known to RepeatMasker

  ERROR: RepeatMasker failed

  解决措施:删除opts.ctl文件中的model_org=的内容

   报错5

  报错内容:缺少h5py

  解决措施:使用pip或conda安装或加载python的路径

   报错6

  报错内容:License key ".gm_key" not found.

  解决措施:重新在这里下载key的文件并解压,拷贝到程序所在账号的根目录下作为隐藏文件

   报错7

  报错内容:

  syntax error at /your_path/maker/bin/../lib/GI.pm line 4354, near ");"

  Compilation failed in require at /your_path/software/maker/bin/maker line 63.

  BEGIN failed--compilation aborted at /your_path/maker/bin/maker line 63.

  解决措施:重新安装perl环境




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