认知科学的理论基础包括行为研究、神经学、符号信息计算，基本原理是刺激-反应模式。从整体上看，依然没有完全摆脱还原论和机械论的框架。

从根本上来说，认知行为是一种生物行为（如果承认人也是生物的一种的话），那么，认知的研究就是一种生物学的路径。对于生物而言，目前的生命科学只是着重于解决生物的生命（生存）原理。在遗传学和分子生物学，已经研究到了遗传信息和生命动力问题。而作为生命生存的另外一个方面，整体的有机性及其意识还是一个未解之谜。目前的认知研究建基于对语言符号的理解之上，换言之，即便是非符号的情感、意志等认知因素也必须通过符号表达出来，这就有点勉为其难之意了。更进一步说，隐藏在认知背后的非符号意象，仅仅通过心理能量形式释放出来，如何能够进入我们现有的表达机制？

对于不同的生物个体而言，对于环境的刺激-反应，表现方式和表达路径是非常不同的。简单地说，看见一幅裸体女人画，有的人看见美，有的人看见性。同样一盘剁椒鱼头，对于有些人来说是美味，对于有些人来说是毒药。更深入一点说，不同意志力和不同知识背景的人，对于自身的反应认知也不一样。心理学家可以分析自己的潜意识和无意识，很多人甚至从未听说过，听了也不懂什么是潜意识和无意识。但是，有一点是共同的，那就是作为人这样一种生物的认知能力。

在谈到人的自由的时候，经常会说起，人应该具有自我发展的自由。从发展的潜力来说，在生理学和生命科学视野中的认知能力方面，大多数人都是一样的（少数的“天才”除外）。然而，事实证明，即便是排除心理暗示、环境干扰等各种客观因素，认知的发展依然因人而异。这也可以说明，非符号意象在认知能力发展及认知功能发挥中具有一定的作用。