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读文献(试验设计):alpha-lattice VS RCBD

已有 4350 次阅读 2017-4-2 16:51 |个人分类:文献解析|系统分类:科研笔记

Khan M I, Shah S A A, Khan M, et al. Comparative Efficiency Of Alpha Lattice Design And Complete Randomized Block Design In Wheat, Maize And Potato Field Trials[J]. 2015, 11:115-117.

摘要
  • 2011~2014 3年试验,完全随机区组(RCBD)和alpha-lattice试验,应用于小麦、玉米和土豆。
  • 试验效率比较的指标:误差方差(MSe)、变异系数(CV)、差数的标准误(SED)
  • 试验表明,alpha-lattice在三种作物的试验中,相对于完全随机区组,试验效率分别提高49%,47%和34%。

试验效率的计算公式

试验结果

RCBD的实现方法

比如这里有90个品种,设置3个重复,分别设计出RCBD和alpha-lattice试验。
GenStat
模型:

结果:


BMS
BMS即是育种管理系统,里面的试验设计是Cydesign软件,实现方法如下:
模型:


结果:

R语言实现方法:agricolae包

library(agricolae) ###RCBD design** a <- design.rcbd(1:90,r = 3) book <- a$book head(book) # plots block 1:90 # 1   101     1   24 # 2   102     1   79 # 3   103     1   58 # 4   104     1   38 # 5   105     1   40 # 6   106     1   26 alpha-lattice的实现方法

90个品种,设置10个区组,2个重复。
GenStat
模型:

结果:


BMS实现方法
模型:

结果:

R语言实现方法:agricolae

library(agricolae) ### alpha-lattice design b <- design.alpha(1:90,9,2) book <- b$book head(book) # plots cols block 1:90 replication # 1   101    1     1   26           1 # 2   102    2     1   86           1 # 3   103    3     1   85           1 # 4   104    4     1   33           1 # 5   105    5     1    9           1 # 6   106    6     1   74           1 软件比较点评

试验设计最简单:GenStat,通过简单的设置,就可以生成试验设计,而且可以导出excel,窗口化操作界面,不用编程,简单方便。(商业软件)
试验设计最实用:BMS,试验设计,特别是alpha-lattice一般都是应用在育种中,结合BMS育种管理系统,无缝连接,直接生成田间种植本。(商业软件)
试验设计免费:如果免费是一种功能,R语言具有优势,有相关的R语言包。不过需要懂得一些初级的编程知识。
如果需要稳定的、可靠的、有技术支持的、不差钱的、批量应用的,可以采用商业软件GenStat和BMS,如果想用免费的,可以使用R语言。
值的注意的是,农业上面的R语言包,相对于其它学科,因为用户量的问题,应用和功能相对有限,可靠性和持续性也值的商榷。不过基础的功能没有问题。



https://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-1043220.html

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