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计算群体GWAS分析所需要的最少SNP个数

已有 1350 次阅读 2022-2-8 20:54 |个人分类:农学统计|系统分类:科研笔记

GWAS和GS分析中,都有一个假定:「假定至少有一个SNP标记与所控制性状的QTL(基因)处于连锁不平衡状态(LD)」,那怎么满足这个条件呢,就需要覆盖全基因组的标记,需要计算群体LD的衰减距离,进而计算进行GWAS分析时所需要的最少SNP的个数。

公式

所需最小标记量基因组大小衰减距离

举例

现在求出LD衰减距离为1Mb,猪的基因组大小为2458Mb,那么GWAS所需要标记量是多少?

计算方法: 1,因为单位都是Mb,所以可以直接计算 2,2458Mb/1Mb = 2458,注意这个单位是个

所以,该群体做GWAS至少需要2458个SNP标记。




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