育种数据分析之放飞自我分享 http://blog.sciencenet.cn/u/yijiaobai 关注:生物统计,数量遗传,混合线性模型,生物信息,R,Perl,Python,GWAS,GS相关方法,文章及代码

博文

计算群体GWAS分析所需要的最少SNP个数

已有 5627 次阅读 2022-2-8 20:54 |个人分类:农学统计|系统分类:科研笔记

GWAS和GS分析中,都有一个假定:「假定至少有一个SNP标记与所控制性状的QTL(基因)处于连锁不平衡状态(LD)」,那怎么满足这个条件呢,就需要覆盖全基因组的标记,需要计算群体LD的衰减距离,进而计算进行GWAS分析时所需要的最少SNP的个数。

公式

所需最小标记量基因组大小衰减距离

举例

现在求出LD衰减距离为1Mb,猪的基因组大小为2458Mb,那么GWAS所需要标记量是多少?

计算方法: 1,因为单位都是Mb,所以可以直接计算 2,2458Mb/1Mb = 2458,注意这个单位是个

所以,该群体做GWAS至少需要2458个SNP标记。




https://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-1324505.html

上一篇:BLUP育种值如何计算准确性
下一篇:遗传力计算 | 1,随机区组RCBD计算广义遗传力
收藏 IP: 223.90.189.*| 热度|

1 高建国

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...
扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-4-25 09:51

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部