育种数据分析之放飞自我分享 http://blog.sciencenet.cn/u/yijiaobai 关注:生物统计,数量遗传,混合线性模型,生物信息,R,Perl,Python,GWAS,GS相关方法,文章及代码

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大量阅读的重要性--读书笔记 2019-08-13
最近读了一本书,是李家同的《大量阅读的重要性》,作者是台湾作家,1939年生,和我爷爷大小差不多,书中的很多观点,我很有感触,挑取一些写一下感受。 书中 ...
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因为一个序言爱上一本书《无穷的开始--世界进步的本源》 2019-08-06
去图书馆淘书,发现了一本好书,看到序言后,毫不犹豫的借回来了。这是什么样的一本书呢? 书的名称: 《无穷的开始—世界进步的本源》【英】 戴维.多伊奇(D ...
(706)次阅读|(0)个评论
GBS hapmap 格式 转化为Plink格式:tassel vcftools方法汇总 2019-07-31
1. 参考资料 https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403 环境:linux系统 2. 安装软件 首先,要安装 anaconda 或者 miniconda ,然后使用 conda install ...
(368)次阅读|(0)个评论
GGE Biplot 双标图如何看? 2019-07-31
0. GGE 双标图定义 GGE 的意思是在主成分分析时, 分解的是G+GbyE,然后根据PC1和PC2作双标图,称为GGE Biplot。 1. 几种不同类型的GGE双标图 1.1 基本图 ...
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AMMI模型怎么看? 2019-07-31
0. AMMI模型定义 AMMI的全称:效可加互作可乘(Additive main multiplicative interaction, AMMI)。 AMMI通过从加性模型的残差中分离模型误差和干扰,提高 ...
(318)次阅读|(0)个评论
R语言中dcast 和 melt的使用 2019-07-23
1. 图片说明 2. 例子 示例数据: set.seed(123) dat = data.frame(ID = paste0("ID_",1:10),y1 = rnorm(10),y2=rnorm(10),y3=rnorm(10),y4 = rn ...
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R语言如何绘制小提琴图violin plot 2019-07-23
1. 安装vioplot软件包 install.packages("vioplot") 2. 测试数据 生成一段随机数的数据框 dat = data.frame(y = rnorm(1000)) 绘制小提琴图 ...
(659)次阅读|(0)个评论
asreml 设定初始值 固定初始值 2019-07-23
1. 背景 一个朋友问我,如何固定asreml的初始值,现在分为单性状和多性状进行说明。 为何要固定初始值: 1,由于群体较小,估算的方差组分不准确,需要手 ...
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