遗传力计算 | 1，随机区组RCBD计算广义遗传力 2022-03-08

遗传力计算 | 1，随机区组RCBD计算广义遗传力 之前写过几篇博客，介绍植物育种数据中，如何计算广义遗传力，本次博客计划系统的介绍一下。所谓系统，就 ...

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计算群体GWAS分析所需要的最少SNP个数 2022-02-08

GWAS和GS分析中，都有一个假定： 「假定至少有一个SNP标记与所控制性状的QTL（基因）处于连锁不平衡状态（LD）」 ，那怎么满足这个条件呢，就需要覆盖全基因组 ...

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BLUP育种值如何计算准确性 2022-02-07

大家好，我是飞哥。 「育种值的准确性是什么呢？为何要计算育种值的准确性呢？」 育种值的准确性的大小可以反应育种值计算的准确性如何，如果准确性高， ...

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R语言如何筛选数据框中的列--select 2022-01-20

大家好，我是飞哥呀。 我们知道，R语言学习，80%的时间都是在清洗数据，而选择合适的数据进行分析和处理也至关重要，如何选择合适的列进行分析，你知道几种方 ...

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GCTA学习8 | 计算多性状遗传力和遗传相关 2022-01-20

。前面的几节中，我们介绍了GCTA计算G矩阵，和单性状遗传力的计算，它本质上就是GBLUP的估计，但是速度快很多。本节我们介绍，两性状遗传力和遗传相关的计算。 ...

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GCTA学习7 | 计算单性状遗传力和标准误 2022-01-18

前面的几节中（请翻看博客之前的博文），我们介绍了GCTA计算G矩阵，本节我们介绍，如果使用GCTA进行遗传力的估计。 1. GCTA计算单性状遗传力常用参数 ...

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GCTA学习5 | GCTA计算PCA及可视化 2022-01-17

GCTA计算PCA时，要两步走： 第一步：构建kinship矩阵（有两种方法） 第一种：Yang的方法 --make-grm 0 第二种：Van的方法 --make-grm-alg 1 ...

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GCTA学习6 | GCTA计算GRM矩阵（kinship矩阵） 2022-01-17

GRM矩阵，全称：genetic relationship matrix (GRM)。 GCTA计算GRM有两种方法 默认的Yang，--make-grm-alg 0 Van的方法：--make-grm-alg 1 GCTA计算 ...

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