育种数据分析之放飞自我分享 http://blog.sciencenet.cn/u/yijiaobai 关注:生物统计,数量遗传,混合线性模型,生物信息,R,Perl,Python,GWAS,GS相关方法,文章及代码

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  • 北京康普森农业科技有限公司,育种数据分析师

    • 生命科学->遗传学与生物信息学->生物信息学

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R语言行筛选的方法--filter 2022-08-08
之前写过一篇 R语言列筛选的方法--select ,这里介绍一下行筛选的方法。 下面介绍一下R语言中行筛选的方法,主要介绍filter函数 1. 数据 这里,使 ...
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遗传力计算 | 1,随机区组RCBD计算广义遗传力 2022-03-08
遗传力计算 | 1,随机区组RCBD计算广义遗传力 之前写过几篇博客,介绍植物育种数据中,如何计算广义遗传力,本次博客计划系统的介绍一下。所谓系统,就 ...
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计算群体GWAS分析所需要的最少SNP个数 2022-02-08
GWAS和GS分析中,都有一个假定: 「假定至少有一个SNP标记与所控制性状的QTL(基因)处于连锁不平衡状态(LD)」 ,那怎么满足这个条件呢,就需要覆盖全基因组 ...
(1517)次阅读|(0)个评论
BLUP育种值如何计算准确性 2022-02-07
大家好,我是飞哥。 「育种值的准确性是什么呢?为何要计算育种值的准确性呢?」 育种值的准确性的大小可以反应育种值计算的准确性如何,如果准确性高, ...
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R语言如何筛选数据框中的列--select 2022-01-20
大家好,我是飞哥呀。 我们知道,R语言学习,80%的时间都是在清洗数据,而选择合适的数据进行分析和处理也至关重要,如何选择合适的列进行分析,你知道几种方 ...
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GCTA学习8 | 计算多性状遗传力和遗传相关 2022-01-20
。前面的几节中,我们介绍了GCTA计算G矩阵,和单性状遗传力的计算,它本质上就是GBLUP的估计,但是速度快很多。本节我们介绍,两性状遗传力和遗传相关的计算。 ...
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GCTA学习7 | 计算单性状遗传力和标准误 2022-01-18
前面的几节中(请翻看博客之前的博文),我们介绍了GCTA计算G矩阵,本节我们介绍,如果使用GCTA进行遗传力的估计。 1. GCTA计算单性状遗传力常用参数 ...
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GCTA学习5 | GCTA计算PCA及可视化 2022-01-17
GCTA计算PCA时,要两步走: 第一步:构建kinship矩阵(有两种方法) 第一种:Yang的方法 --make-grm 0 第二种:Van的方法 --make-grm-alg 1 ...
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