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rosetta| tools| molecular dynamics| monte carlo| null|
在ipython中使用openbabel
刘源 2016-5-3 19:35
上次提到openbabel的python插件很好用，这里举个例子。 openbabel默认显示图片是用一个弹出的窗口，这里稍加修改，让图像内嵌在ipython文档中。 修改 path_of_pylib/python2.7/site-packages/pybel.py, 约670附近，＃是原代码，后面四行是修改的 ...
个人分类: tools|4342 次阅读|没有评论
蒙特卡洛生物体系模拟软件包集合贴
刘源 2016-5-3 15:49
除Rosetta外，还有很多，列表备查。 towhee http://towhee.sourceforge.net/ 老牌经典mc程序，没用过。 http://robotics.stanford.edu/~itayl/mcs/ 相对简单的一个mc程序，代码清晰（但不符合标准c，编译出问题）。包含基本的rotamer还有eef1溶剂模型实现。 http://cbbp.thep.lu.se/activities ...
个人分类: monte carlo|4477 次阅读|没有评论
处理小分子，他们是认真的
刘源 2016-5-2 11:29
分子模拟领域，小分子构象搜索和力场构建一直是比较麻烦的问题，有一些商业软件比如OpenEye、Material Studio，我们穷，都没用过，这里介绍一些常用的学术免费的方案。 PRODRG http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg GMX力场常用server，缺点是电荷分配和原子类型有时候有问题。 Avogadro ...
个人分类: tools|8529 次阅读|没有评论
histcite使用的一些更新
刘源 2016-1-31 18:06
histcite最初从科大罗昭锋老师blog了解到，可以由web of science（WOS）上下载的数据绘制引用关系图。 感觉对快速把握一个领域的核心文章很有帮助，源链接见这里 http://blog.sciencenet.cn/blog-304685-383399.html 官方给了一个免费的版本： http://science.thomsonreuters.com/scientific/m/His ...
个人分类: tools|4581 次阅读|没有评论
RosettaScripts使用介绍
刘源 2014-4-25 05:32
Rosetta最开始是一个fortran程序，后来改写成c++，又经过一系列整合模块化成了现在的样子。所有的底层核心功能比如分子空间结构和化学信息的数据结构，打分函数，输入输出，侧链packing还有优化算法等都放在core模块中。而使用这些基本元素进行一些具体的操作比如abinitio，docking，refinment，relax等都写在protocol ...
个人分类: rosetta|7826 次阅读|没有评论
Rosetta的文件格式和基本操作
刘源 2014-3-19 04:53
前一篇文章介绍了Rosetta的安装过程，现在来介绍一下基本的文件格式和常用命令。一般来说，运行任何Rosetta的程序的方法都是： command options 其中command就是要执行的命令比如score、relax等；后边给出options，指定输入输出的文件名，运行时的参数等；flags是一个文本文件，里边的内容其实 ...
个人分类: rosetta|9768 次阅读|没有评论
Rosetta安装
刘源 2014-3-18 17:09
Rosetta 是学术免费且开源的程序，编译安装使用简便，而且很容易自行添加新功能。 1. 到这个网站 https://www.rosettacommons.org/ 注册一下就可以下载最新版本的源代码。 压缩包里应该包括source, database, tests三个文件夹： source 是源代码 database是运行时需要的参数文件 test ...
个人分类: rosetta|17198 次阅读|没有评论

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