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蒙特卡洛生物体系模拟软件包集合贴

已有 4968 次阅读 2016-5-3 15:49 |个人分类:monte carlo|系统分类:科研笔记| 蒙特卡洛


除Rosetta外,还有很多,列表备查。


towhee

http://towhee.sourceforge.net/

老牌经典mc程序,没用过。


http://robotics.stanford.edu/~itayl/mcs/

相对简单的一个mc程序,代码清晰(但不符合标准c,编译出问题)。包含基本的rotamer还有eef1溶剂模型实现。


http://cbbp.thep.lu.se/activities/profasi/

高效的主链采样,粗粝模型。


http://www.phaistos.org/home/Main_Page

比较新颖的基于统计模型的主链生成算法。可以用于结构预测。


最后来一个wiki列表 https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_software_for_Monte_Carlo_molecular_modeling




https://blog.sciencenet.cn/blog-637394-974574.html

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