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在ipython中使用openbabel
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上次提到openbabel的python插件很好用，这里举个例子。
openbabel默认显示图片是用一个弹出的窗口，这里稍加修改，让图像内嵌在ipython文档中。
修改 path_of_pylib/python2.7/site-packages/pybel.py, 约670附近，＃是原代码，后面四行是修改的
#root = tk.Tk()
#root.title((hasattr(self, "title") and self.title)
# or self.__str__().rstrip())
#frame = tk.Frame(root, colormap="new",
# visual='truecolor').pack()
#image = PIL.open(filename)
#imagedata = piltk.PhotoImage(image)
#tk.Label(frame, image=imagedata).pack()
#tk.Button(root, text="Close", command=root.destroy).pack(
# fill=tk.X)
#root.mainloop()
from matplotlib.pyplot import imshow
import numpy as np
pil_im = PIL.open(filename)
imshow(np.asarray(pil_im))
效果如下：
或者更复杂一些：
还有：
另外openbabel的python接口pybel允许建立和直接编辑分子的原子和键：
保存出来坐标文件：
https://blog.sciencenet.cn/blog-637394-974607.html
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