前一篇文章介绍了Rosetta的安装过程，现在来介绍一下基本的文件格式和常用命令。一般来说，运行任何Rosetta的程序的方法都是：

command options [@flags]

其中command就是要执行的命令比如score、relax等；后边给出options，指定输入输出的文件名，运行时的参数等；flags是一个文本文件，里边的内容其实也是options，但为了编辑和重用方便可以写到一个文件里去，一起传给命令，前边要加一个@符号。

0. pdb 文件和 silent file

Rosetta是一个功能非常强大的蛋白质建模软件包，具体有很多不同的功能，但基本工作原理都是读入一个蛋白质结构，做一些操作，吐出一个结果（如果是ab-initio则只读入序列）。蛋白质结构文件最常用的就是pdb文件，但为了批量操作的方便，Rosetta除了支持pdb文件外还有一种自己的文件存储格式silent file，一般使用扩展名.out。

当我们希望输入一个或多个pdb文件时，使用如下option：

-in:file:s xxx1.pdb xxx2.pdb xxx3.pdb

或者也可以简写成（在rosetta中option拥有各自的名字空间，如果没有和其他名字空间中重名的，就可以省略前缀）：

-s xxx1.pdb xxx2.pdb xxx3.pdb

也可以给定一个pdb文件列表：

-in:file:l pdblist (或-l)

注意，读入pdb时默认是全原子模型（fullatom），如果希望读入粗粒化模型，需要：

-in:file:centroid_input

另外有时输入的pdb文件里面没有处理干净有些HOH或其他小分子，会报错，可以：

-in:ignore_unrecognized_res

来忽略掉不认识的东西。

指定输出pdb文件（否则默认为silent file）:

-out:pdb

一般来说对每一个输入的pdb会有一个或多个输出，比如-s A.pdb后输出会是A_0001.pdb, A_0002.pdb等。Rosetta支持断点，假如你一个程序跑了一半断了，可以直接重跑，它会检测输出文件是否已经生成，如果没有才继续算。有时候你希望都重新算，只需要加入：

-out:overwrite (或-overwrite)

指定输入silent file

Rosetta动辄需要处理成千上万个结构，这时使用silent file就会比较高效，读入文件的option：

-in:file:silent xxx.out

和pdb文件的默认fullatom不同，silent file默认是读入粗粒化(不知道新版还是不是了)，如果是全原子的silent file需要加入option：

-in:silent:fullatom

另外需要注意的是silent file有两种格式protein和binary前者保存ideal结构，即键长键角都为理想值，文件中只保存二面角信息，比较省空间，一般在ab-initio时用；后者就和pdb一样存储所有原子的位置信息，但用一种比较紧凑的格式写出来不是给人看的。指定文件格式：

-in::file::silent_struct_type ｛protein, binary｝

默认的格式是protein。输出文件也一样可以控制，只需把in换成out。

上述options基本在所有命令中都是通用的。

1. score_jd2

最基本的一个命令就是score，用来给指定的蛋白质结构打分，可以用来做文件格式转换。Rosetta中有无数的打分函数(score terms)，实际应用中总结出不同的组合应对不同的问题(weights)，所有这些都存在database/scoring/weights里，常用的如score12，以及最新的talaris2013。指定不同的weights使用(默认是talaris2013)：

-score:weights talaris2013

举几个完整的打分命令例子，如

给xxx打分，并指定输出文件：

score_jd2 -s xxx.pdb -out:file:scorefile xxx.sc

打分并且输出一个pdb文件，有时输入的pdb文件有缺失的原子，输出pdb会给它补全：

score_jd2 -s xxx.pdb -output

2. extract_pdbs

把silentfile里的结构分别转成pdb文件：

extract_pdbs -in:file:silent xxx.out

3. relax

很多pdb文件中的结构有原子重叠之类的问题，直接打分结果会很差，这时需要先做一下relax，让不好的初始结构松弛一下，但也要小心有时clash非常大会使结构有很大的变化，所以还需要酌情考虑加上一些约束，例如：

relax -s pdb -relax::fast -use_input_sc -relax::constrain_relax_to_start_coords -nstruct 5

其中-use_input_sc表示记下侧链的初始位置（但不一定保留，取决于relax的打分）；-relax::constrain_relax_to_start_coords为给主链重原子加一个初始位置的约束，让它不会跑太远；-nstruct 5表示重复五次，也就是会得到5个输出结构。

4. cluster

当得到了很多结构之后，其实其中很多都非常接近，通过cluster可以选出有代表性的低能量结构，节约计算量。例如（更多选项参考这里）：

cluster -in:file:silent silent.out -in::file::binary_silentfile -in::file::fullatom -native 1a19.pdb