分子模拟领域，小分子构象搜索和力场构建一直是比较麻烦的问题，有一些商业软件比如OpenEye、Material Studio，我们穷，都没用过，这里介绍一些常用的学术免费的方案。

PRODRG http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg GMX力场常用server，缺点是电荷分配和原子类型有时候有问题。

Avogadro http://avogadro.cc/wiki/Main_Page 可以用来画小分子并进行简单的结构优化和构象搜索。

下面隆重推出 openbabel http://openbabel.org/wiki/Main_Page 万能的格式转换，构象搜索，电荷分配，神器！

原来大名鼎鼎的Babel，被写成C++版本的OBabel。OELib吸收了其中一些功能并开源，后来重写成闭源的OEChem并用于OpenEye。

OELib又有一个开源的分支，就是现在的openbabel。

安装：主页上有稳定版本，或者 https://github.com/openbabel/openbabel 有devel版本，下载源代码：

在解压的目录下建立一个build文件夹: mkdir build; cd build

用cmake配置安装参数：ccmake .. -DPYTHON_BINDINGS=ON -DBUILD_GUI=FALSE -DRUN_SWIG=ON

有必要的话可以自行修改安装的路径，然后 make; make install 即可。 推荐加上python的插件，会非常方便

下面给几个例子：

smi转mol2：

obabel in.smi -O outfile.mol2 - - gen3D 或 obabel -:”CCCC" -O outfile.mol2 - - gen3D

pdb转mol2并补氢：

obabel in.pdb -O outfile.mol2 -h

confab构象搜索例子：

obabel bostrom.sdf -O confs.sdf --confab --conf 100000

obabel confs.sdf -oconfabreport -xf bostrom.sdf -xr 1.0

重要参数一览：

--gen2D 自动生成2D平面图片

--gen3D 自动生成3D坐标

--confab 构象搜索，文献http://jcheminf.springeropen.com/articles/10.1186/1758-2946-3-8

-h / -d 自动加／减氢原子

-p 根据pH值加氢

--partialcharge <method> 加电荷 eem, qeq, gasteiger, mmff94等

得到mol2文件以后，可以用ambertools加acpype生成各种md软件可用的amber GAFF力场文件，原子类型和电荷分配由sqm量化得到，比较靠谱。