在ipython中使用openbabel 2016-05-03

上次提到openbabel的python插件很好用，这里举个例子。 openbabel默认显示图片是用一个弹出的窗口，这里稍加修改，让图像内嵌在ipython文档中。 修 ...

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无题 2016-05-03

二八法则的一种 描述：80%的钱被20%的人挣了去 。 可能的一种的数学解释： 若价收入分布是卡方分布，当n＝4时，恰有：若a使得Int(P,0,a) ...

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蒙特卡洛生物体系模拟软件包集合贴 2016-05-03

除Rosetta外，还有很多，列表备查。 towhee http://towhee.sourceforge.net/ 老牌经典mc程序，没用过。 http://robotics.stanford.edu/~ita ...

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处理小分子，他们是认真的 2016-05-02

分子模拟领域，小分子构象搜索和力场构建一直是比较麻烦的问题，有一些商业软件比如OpenEye、Material Studio，我们穷，都没用过，这里介绍一些常用的学术免费 ...

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histcite使用的一些更新 2016-01-31

histcite最初从科大罗昭锋老师blog了解到，可以由web of science（WOS）上下载的数据绘制引用关系图。 感觉对快速把握一个领域的核心文章很有帮助，源 ...

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RosettaScripts使用介绍 2014-04-25

Rosetta最开始是一个fortran程序，后来改写成c++，又经过一系列整合模块化成了现在的样子。所有的底层核心功能比如分子空间结构和化学信息的数据结构，打分 ...

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Rosetta的文件格式和基本操作 2014-03-19

前一篇文章介绍了Rosetta的安装过程，现在来介绍一下基本的文件格式和常用命令。一般来说，运行任何Rosetta的程序的方法都是： command option ...

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Rosetta进行大分子建模[翻译] 2014-03-18

原文作者 Rhiju Das, David Baker 摘要 近年来的进步使得接近原子精度的蛋白质预测和设计成为可能。这些进展来自于高精度高计算效率的全 ...

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