导读：代谢通路富集气泡图：横轴为通路影响值（拓扑重要性，越大越好），纵轴为-log10(p)（越红越好）。优先锁定右上区域，结合各通路内代谢物丰度的升降趋势，判断通路的激活或抑制状态。

图1. 热图+bar组合图

《Neuro》文章Comprehensive characterization of metabolic consumption and production by the human brain. fig2e.以代谢通路富集气泡图展示了大脑摄取和释放的所有代谢物的富集分析结果。图中X轴表示通路影响值（pathway impact），Y轴表示-log10(pvalue)。点越大，表示通路影响越大；点颜色越红表示越显著。同时使用引导线标注了几个感兴趣的通路：氨酰-tRNA生物合成（aminoacyl-tRNA biosynthesis）、 精氨酸和脯氨酸代谢（arginine and proline metabolism）、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢（alanine, aspartate, and glutamate metabolism）、谷氨酰胺和谷氨酸代谢（glutamine and glutamate metabolism）以及嘌呤代谢（purine metabolism）。

通路富集分析中利用多种拓扑分析工具，客观地评估代谢通路中节点的中心性（即“枢纽”程度），并将其量化为“通路影响值（pathway impact）”。该值综合了通路的中枢性和富集性分析结果，计算方式为：将每条通路中匹配到的代谢物的重要性得分加总，再除以该通路内全部代谢物的重要性得分总和。范围在0到1之间，代表影响的强度，数值越大越好。同时辅以p值显著性，所以处于气泡图右上角的pathway是最可信的。

可用使用代谢组学分析全能网站https://metaboanalyst.ca，进行通路富集分析，然后获得这张图的数据。 

1，打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_metabolism_pathway_impact_dot_plot

图2.绘图页面

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

图3. 示例数据

示例数据包括3列：

第1列：通路名

第2列：p值（不能为0）

第3列：impact值（范围0-1） 

3，输入检查

示例数据：点击输入框下面的“示例”按钮，将载入示例数据。

真实数据：数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V将数据粘贴到输入框中。

图4. 载入数据，输入检查

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择其他参数。

图5.输入检查结果

 注：输入检查是新添加的功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，以确保数据符合模块输入要求。建议每次提交前先进行输入检查。

 4，选择参数

图6.绘图参数

图片大小：图片宽度，图片高度参数

待标注通路名

需要标注的感兴趣的通路名，一行一个，来自输入数据的第一列。

建议标注p值显著且pathway impact大的通路（右上角最佳）

程序自动标注可能会出现文字和点，文字和文字重叠的现象，因此我们这里设置了2个参数来避免这种情况：

1）通路名换行长度：若通路名长度超过60个字符，会自动换行

2）随机因子，不同随机因子，标注的位置不同，可用多试试

如果还有重叠

3）减少待标注通路的字体大小

4）出图后使用acrobat illustrator编辑文字

字体大小：

轴说明文字字体大小：X轴的Impact（来自输入数据首行第3列），Y轴的-log10(pvalue)的字体大小

轴刻度文字字体大小：X轴和Y轴数字刻度的字体大小

标注通路字体大小：标注的点对应的通路的字体大小 

网格线：设置了灰色，蓝色和不显示网格三种选项

字体：

设置了期刊杂志中最常用的两种字体：Times New Roman和Arial。如需使用其他字体，可以下载pdf或者svg图片，然后使用acrobat illustrator或者inkscape进行编辑修改

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约2s后，会在页面上显示代谢气泡图预览。我们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供大家下载使用。

图7.预览图

请使用Acrobat Illustrator，inkscape等软件编辑矢量图（pdf或svg），进行组图，调整文字、图像元素位置，字体，添加说明等操作，以满足个性化需求。

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