微生信分享 http://blog.sciencenet.cn/u/chinapubmed 0代码在线绘制270+科研图

博文

动态交互式火山图:彻底解决基因名重叠、凌乱问题

已有 455 次阅读 2026-6-15 13:59 |系统分类:科研笔记

导读:动态交互式火山图,感兴趣基因名任意位置摆放,自带光环和引导线,彻底解决基因名重叠,凌乱问题,还你一张整齐、清新的SVG矢量火山图。fig1.gif

图1. 交互式动态火山图

1,打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/dynamic_basic_three_color_volcano_plot

fig2.png

图2.绘图页面

2,输入数据

示例数据:点击页面上方的“载入示例数据”按钮,会载入示例数据。

fig3.png

图3. 示例数据

示例数据包括3列:

基因名:必须唯一

Log2FC:log2倍数变化

Pvalue:p值(或者fdr)

真实数据:数据放在excel中,调整好后,Ctrl+A选中数据,Ctrl+C拷贝,Ctrl+V将数据粘贴到输入框中(必须制表符分隔),然后点击“解析并载入当前数据”进行实时渲染。

3,感兴趣基因

fig4.png

图4.感兴趣基因

比较:即谁vs谁

感兴趣基因:将感兴趣基因贴到标签框中,一行一个基因名,大小写敏感。贴完后,实时渲染到火山图上。

fig5.png

图5. 动态火山图页面

4,参数设置

阈值与范围:

设置了FC的阈值,注意这里是FC,不是log2fc。如果这里填2,那么图上的垂直线就是1,如果这里填写1.5,那么图上的垂直线大概在0.58处。

P最小值:小于该值的p值会被设置成该值,例如p为0时,自动设置为1e-100

坐标轴的范围:设置了X轴的最大值,最小值;Y轴的最大值和最小值(默认-0.1)

显示网格:选中则显示网格线。

常规样式控制与尺寸:

图片大小:设置了图片的宽度和高度(像素)

X轴和Y轴说明文字:默认log10的10和log2的2下标展示

字体:设置了期刊杂志中最常用的两种字体:Times New Roman和Arial。如需使用其他字体,可以下载svg图片,然后使用acrobat illustrator或者inkscape进行编辑修改

轴刻度:轴刻度的字体大小

轴说明:说明文字的字体大小

图例:图上方图例的字体大小

标签:标注基因名的字体大小

点大小:数据点的大小,值越大,点越大

透明度:数据点的透明度,1不透明,设置为0.8则点有层次感

颜色

设置了上调点的颜色,下调点的颜色,不显著点的颜色,以及阈值线和标注基因名的颜色 

其他功能包括:

1)X轴,Y轴,图例文字拖动微调

2)鼠标悬停于数据点上时,显示点对应的数据

3)点击数据点,自动标注,再次点击,关闭标注

4)基因名可以用鼠标进行任意位置拖动

注意:只要修改了参数,图片就会立刻在用户浏览器进行渲染,所以在图满意之前不要刷新页面

5,下载

实时渲染后,可以下载SVG格式的矢量图(用于论文), png和jpg格式的高质量图片(用于PPT)。SVG图片可以导入到Acrobat Illustrator或者inkscape进行编辑,保存pdf,组图等,以满足个性化需求。

fig6.png

图6.预览图 

微生信助力高分文章,谷歌学术10000+



https://blog.sciencenet.cn/blog-707141-1539439.html

上一篇:【Cell Metabolism同款】在线绘制摩天轮图展示不同通路中上下调基因个数
下一篇:在线绘制代谢组富集分析通路影响(pathway impact)气泡图



    
收藏 IP: 116.230.137.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2026-6-30 09:59

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部