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导读:动态交互式火山图,感兴趣基因名任意位置摆放,自带光环和引导线,彻底解决基因名重叠,凌乱问题,还你一张整齐、清新的SVG矢量火山图。
图1. 交互式动态火山图
1,打开作图URL
https://www.bioinformatics.com.cn/dynamic_basic_three_color_volcano_plot
图2.绘图页面
2,输入数据
示例数据:点击页面上方的“载入示例数据”按钮,会载入示例数据。

图3. 示例数据
示例数据包括3列:
基因名:必须唯一
Log2FC:log2倍数变化
Pvalue:p值(或者fdr)
真实数据:数据放在excel中,调整好后,Ctrl+A选中数据,Ctrl+C拷贝,Ctrl+V将数据粘贴到输入框中(必须制表符分隔),然后点击“解析并载入当前数据”进行实时渲染。
3,感兴趣基因

图4.感兴趣基因
比较:即谁vs谁
感兴趣基因:将感兴趣基因贴到标签框中,一行一个基因名,大小写敏感。贴完后,实时渲染到火山图上。

图5. 动态火山图页面
4,参数设置
阈值与范围:
设置了FC的阈值,注意这里是FC,不是log2fc。如果这里填2,那么图上的垂直线就是1,如果这里填写1.5,那么图上的垂直线大概在0.58处。
P最小值:小于该值的p值会被设置成该值,例如p为0时,自动设置为1e-100
坐标轴的范围:设置了X轴的最大值,最小值;Y轴的最大值和最小值(默认-0.1)
显示网格:选中则显示网格线。
常规样式控制与尺寸:
图片大小:设置了图片的宽度和高度(像素)
X轴和Y轴说明文字:默认log10的10和log2的2下标展示
字体:设置了期刊杂志中最常用的两种字体:Times New Roman和Arial。如需使用其他字体,可以下载svg图片,然后使用acrobat illustrator或者inkscape进行编辑修改
轴刻度:轴刻度的字体大小
轴说明:说明文字的字体大小
图例:图上方图例的字体大小
标签:标注基因名的字体大小
点大小:数据点的大小,值越大,点越大
透明度:数据点的透明度,1不透明,设置为0.8则点有层次感
颜色:
设置了上调点的颜色,下调点的颜色,不显著点的颜色,以及阈值线和标注基因名的颜色
其他功能包括:
1)X轴,Y轴,图例文字拖动微调
2)鼠标悬停于数据点上时,显示点对应的数据
3)点击数据点,自动标注,再次点击,关闭标注
4)基因名可以用鼠标进行任意位置拖动
注意:只要修改了参数,图片就会立刻在用户浏览器进行渲染,所以在图满意之前不要刷新页面。
5,下载
实时渲染后,可以下载SVG格式的矢量图(用于论文), png和jpg格式的高质量图片(用于PPT)。SVG图片可以导入到Acrobat Illustrator或者inkscape进行编辑,保存pdf,组图等,以满足个性化需求。

图6.预览图
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