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微生信云平台复现Cell Reports高颜值多组误差柱状图

已有 186 次阅读 2026-5-17 12:12 |系统分类:科研笔记

导读:五种细胞系,四种浓度。颜色由浅入深的柱子自带“浓度递增”属性,X轴下方逐渐升高的黑色直角三角形再添一层视觉锚点。无需多余标注,读者一眼便能读懂浓度高低——这才是科研图表该有的模样。

fig1.png

图1.文章例图

《Cell Reports》文章Pulsatile MEK Inhibition Improves Anti-tumor Immunity and T Cell Function in Murine Kras Mutant Lung Cancer. Fig 2b采用多组误差柱状图,展示了司美替尼(selumetinib)处理下五种小鼠肺肿瘤细胞系(IO33、CL13、CL25、HKP1、LLC)的存活率。图中以颜色区分处理浓度:同组内柱子从左到右颜色逐渐加深,对应司美替尼浓度逐渐升高。X轴下方辅以直角三角形标记,从左到右高度逐渐增加,进一步强化浓度递增的视觉引导。Y轴表示存活率,误差线代表标准差(SD)。统计学差异采用 Welch’s t 检验,星号标注显著性水平(*:p < 0.05,**:p < 0.01,***:p < 0.001,****p < 0.0001),NS 表示差异无统计学意义。

五组肺癌细胞系、四种处理浓度、Welch’s t检验的显著性星号、干净利落的标准差——所有的统计信息,都被收敛进一个清晰、高效的图形系统中。它提醒我们:最好的科研图表,不是靠复杂炫技,而是让读者在看到的瞬间,就理解你想说的故事。这种“颜色自带属性、形状指引方向”的设计心法,值得我们认真借鉴。

1,打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_group_errorbar_with_pvalue

fig2.png

图2.绘图页面

2,示例数据

点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。fig3.png

图3. 示例数据

示例数据包括3列:

第一列:组名,对应X轴的组名

第二列:条件名,对应每个bar所代表的颜色,注意必须至少2重复,且每个组里边的条件必须是一样的,但是数据点的个数可以不一样

第三列:数值,必须是正值

3,输入检查

示例数据:点击输入框下面的“示例”按钮,将载入示例数据。

真实数据:数据放在excel中,调整好后,Ctrl+A选中数据,Ctrl+C拷贝,Ctrl+V将数据粘贴到输入框中。fig4.png

图4. 载入数据,输入检查

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过,请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤,直到检查通过(如下图所示),然后可以继续选择其他参数。fig5.png

图5.输入检查结果

注:输入检查是新添加的功能,它会根据不同模块的输入要求,逐行逐列检查输入数据,并给出提示,以确保数据符合模块输入要求。建议每次提交前先进行输入检查

4,选择参数

fig6.png

图6.绘图参数

图片大小:

设置了图片宽度和图片高度

颜色

设置了6种颜色,超过6种使用系统默认颜色

新加功能:解决配色难题

1,颜色集:提供了7种常见期刊的颜色集,点击后,在该论文的颜色集中随机挑选

2,随机颜色:点击“随机”按钮后,会随机推荐6种颜色,点击一次,随机一次

3,自定义:可以粘贴空格分隔的16进制颜色编号,例如 #E64B35 #4DBBD5 #00A087 

字体大小

X轴组名/Y轴说明文字字体大小:控制X轴组名(数据第一列),和Y轴说明(数据首行第三列的文字)的字体大小

Y轴数字刻度字体大小:控制Y轴的数字刻度的字体大小

图例标题文字字体大小:控制图例标题(数据首行第二列的文字)的字体大小

图例文字字体大小:控制图例小矩形(数据第二列的名字)的字体大小

P值字体大小:控制显著性p值或者**的字体大小

Bar相关

bar宽度:组内每个柱子的宽度大小

bar边框粗细:组内每个柱子的边框线,设置为0时没有边框线          组内间隔:组内柱子间的间隔大小          组间间隔:组间间隔的大小

位置相关

显著性中括号线距离errorbar上方距离:控制显著性的线距离errorbar最上面的横线的距离

显著性文字距离显著性线上面的距离:控制显著性文字距离显著性线的距离,请配合字体大小进行微调,以放置文字被线遮挡          Y轴最大值(留空则默认):控制Y坐标轴的最大值,留空则默认是最大值的约1.05-1.15倍(针对不同的样式)

显著性

设置了添加显著性p值,显著性星星,或者不显示显著性三种选项

比较方式

默认是依次后一组 vs 第一组(即 2 vs 1、3 vs 1、4 vs 1),也可以自己设置比较方式,一行一个比较,例如设置比较方式为:2,1和3,2时,就只显示2vs1和3vs2的显著性比较。这里要根据数据第二列的名字填写 

统计方法

Student's t检验(要求正态分布,且方差相等)

Welch's t检验(要求正态分布,对方差不作要求,更稳健)

底部三角

设置了添加左侧高的直角三角形、右侧高的直角三角形或者不添加三种选项

字体 

设置了期刊杂志中最常用的两种字体:Times New Roman和Arial。如需使用其他字体,可以下载pdf或者svg图片,然后使用acrobat illustrator或者inkscape进行编辑修改 

5,提交出图

检查通过,并且参数选好后,点击“提交”按钮,约2s后,会在页面上显示多组errorbar图。我们提供了pdf、svg两种矢量图,png、tiff两种标量图供大家下载使用。fig7.png

图7.预览图

 请使用Acrobat Illustrator,inkscape等软件编辑矢量图(pdf或svg),进行组图,调整文字、图像元素位置,字体,添加说明等操作,以满足个性化需求。

 fig8.png

图8.其他样式

 针对单一色系,这里提供了几组配色供参考:

图9 单一色系

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