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Circos基础（2）

已有 4345 次阅读 2017-3-29 08:49 |系统分类:科研笔记

本章主要对circos环图中最基本的元素进行设置，包括karyotype、ideogram、ticks等模块。

Karyotype

Karyotype的信息就如同坐标轴一般，其大小、顺序、位置等直接决定了后续数据的展示。这里我们新建一个karyotype.conf文件用来设置karyotype的相关信息，主要设置的参数包括数据文件来源、是否使用特定染色体、染色体显示的单位大小（unit）、颜色、图中半径等等：

# 指定数据文件的位置，这里共使用了人类、小鼠、大鼠三组数据karyotype= data/karyotype.human.txt,data/karyotype.mouse.txt,data/karyotype.rat.txt# 使用哪些染色体，这里可以匹配正则表达式chromosomes= -/[XY]/;-/rn/;-/mm/;rn1;mm1# 染色体排序方式chromosomes_order_by_karyotype= yes# 染色体单位大小，在后续进行ticks等的设置时都会参考chromosomes_units= 1000000# 设置染色体颜色，不指定则用默认设置chromosomes_color= /mm/:blues-5-seq-4;/rn/:reds-5-seq-4# 将染色体反向排列chromosomes_reverse= mm1# 改变染色体在circos环图内所占比例chromosomes_scale= rn1:0.25r;mm1:0.25r# 改变染色体在circos环图内半径大小，如图中右上角chromosomes_radius= hs2:1.05r;hs3:1.20r;hs4:1.35r;hs5:1.15r;hs6:1.05r

这时，我们的circos环图变成下图： circos

Ideogram

Ideogram主要是karyotype相关的其它一些基本显示信息的设置，包括线条颜色、粗细、间隔，标签位置、字体等，这里我们新建一个ideogram.conf文件用来管理ideogram的相关信息（我们把染色体条带的信息也一并在这里设置了）：

<ideogram>show = yes# 线条粗细thickness= 25p# 颜色填充fill= yesfill_color= black# 在circos环图中位置radius= 0.80r# 标签show_label= yeslabel_font= default# label位置在圈外侧250像素，当前版本貌似只能让label位于统一位置label_radius= dims(ideogram,radius_outer) + 250plabel_size= 24p# label与karyotype平行label_parallel= yes# 显示染色体条带，条带信息已在karyotype文件中show_bands= yesfill_bands= yesband_stroke_thickness= 0band_stroke_color= blackband_transparency= 4#两条染色体之间的间隔<spacing>default = 30u# 改变特定染色体之间的间隔<pairwise "/hs/ /hs/">spacing = 0.5r</pairwise></spacing></ideogram>

我们再来看一下新的circos环图： circos

Ticks

Ticks主要是指坐标刻度和区块分隔线等，可以针对不同尺度设置不同的刻度显示方式。需要注意的是，Circos是由大至小进行刻度标识的，因此大尺度的刻度显示方式会替换小尺度。同样地，这里我们新建ticks.conf文件来设置相关信息：

show_ticks= yesshow_tick_labels= yesshow_grid= yes# 全局设置<ticks>tick_label_font= light# tick位置在外侧180像素，不同于label，tick能够跟随染色体位置而移动radius= dims(ideogram,radius_outer) + 180plabel_offset= 5plabel_size= 16p# 比例尺，这里指1代表1Mbmultiplier= 1e-6color= blackthickness= 1p# tick1# u即karyotype中设置的chromosomes_units = 1000000，所以这里表示每25Mb处的刻度显示方式<tick>spacing= 25usize= 12pshow_label= yesformat= %d</tick># tick2# 这里表示每5Mb处的刻度显示方式<tick># 与其他tick标签至少保持1像素距离# 由于Circos是由大至小进行刻度标识，所以该参数的设置使得在图中人类基因组的部分，这些刻度的标签不显示label_separation= 1pspacing= 5usize= 7pshow_label= yesformat= %d</tick># tick3# 给小鼠和大鼠1号染色体设置grid<tick># 说明该设置只限于特定染色体chromosomes_display_default= nochromosomes= rn1;mm1spacing= 5u# 这里由于spacing设置的是5u，所以此时size会被tick1和tick2替换，故无需设置size= 0pforce_display= yes# grid起始位置grid_start= 0.45r# grid终止位置，设置与外圈tick相同，使整体美观grid_end= dims(ideogram,radius_outer) + 180pgrid_color= greygrid_thickness= 1pgrid= yes</tick># tick4# 人类基因组每20%的相对比例刻度及grid<tick># 不给小鼠和大鼠1号染色体设置chromosomes= -rn1;-mm1radius= 0.95r# 说明该tick为相对比例刻度spacing_type= relative# 比例刻度为每20%rspacing= 0.20size= 6pshow_label= yes# label为比例值（大小不超过1）label_relative= yes# 比例为百分比rmultiplier= 100format= %d# label显示%作为后缀suffix= %# 为美观，不显示最后一个labelskip_last_label= yes# 设置gridgrid_start= 0.885rgrid_end= 0.95rgrid_color= greygrid_thickness= 1pgrid= yes</tick># tick5# 人类基因组每10%的相对比例刻度及grid，作为tick4的补充<tick>chromosomes= -rn1;-mm1radius= 0.95rspacing_type= relativerspacing= 0.10size= 3pshow_label= nogrid_start= 0.885rgrid_end= 0.95rgrid_color= lgreygrid_thickness= 1pgrid= yes</tick># tick6# 人类基因组每25%的相对比例刻度及grid<tick>chromosomes= -rn1;-mm1radius= 0.82rspacing_type= relativerspacing= 0.25size= 6pshow_label= yeslabel_relative= yesrmultiplier= 100format= %dskip_last_label= yesgrid_start= 0.755rgrid_end= 0.82rgrid_color= greygrid_thickness= 1pgrid= yes</tick># tick7# 利用相对比例刻度，为所有染色体首尾添加grid<tick>spacing_type= relativerspacing= 1# 为统一，显示一个刻度，同时为区别，大小和别的不一样size= 6pgrid_start= 0.45rgrid_end= dims(ideogram,radius_outer) + 180pgrid_color= greygrid_thickness= 1pgrid= yes</tick></ticks>

现在，我们的circos环图显示了更多的信息： circos