由Martin Krzywinski等人开发的Circos，一出现便引起轰动，它打破了常规基因组学数据可视化的思路，通过对差异化交互数据的多维度展示，可以从不同层次全方位描述组学信息，让组学数据展示变成了艺术品。由于其实用性、美观性，Circos如今也广泛应用于社交网络、交通运输等领域。下面，我们就一步一步做出这张图（Circos包自带的demo）。

配置安装

最详尽的介绍和资料都在官网，可以在这里下载到最新的Circos软件包。我使用的版本号为0.69，操作系统为Ubuntu16.04（xenial，64bit），Windows下配置略有不同，可参考官方说明。

Circos本身是基于Perl的，所以不需要编译安装。解压下载的软件包到你想要存放的位置，将circos/bin加入环境变量即可。通过circos -modules命令可以查看相关Perl模块的安装情况，容易出问题的主要是GD，在CPAN中直接安装GD可能出现错误：No success on command[/usr/bin/perl Build.PL –installdirs site]，可以手动下载编译GD包，不过个人建议直接安装Ubuntu的libgd-perl包。

运行demo

我们需要认识到，Circos只是一个数据可视化工具，并不对数据本身进行分析处理。从其运行命令circos -conf circos.conf就可看出，所有的图形配置信息、数据文件信息等都可以保存在*.conf文件中。

如果直接运行circos命令，程序会在默认的路径下自动搜寻名为circos.conf的配置文件，可通过命令circos -debug_group io来查看程序默认的搜索路径，为避免错误，还是推荐主动指定配置文件。Circos包里有自己的demo，可通过circos -conf yourpath/circos/example/etc/circos.conf来运行，会在命令行当前目录下生成png和svg两个图形文件。

最简配置

配置文件中最少需要以下五个部分：

其中karyotype文件描述了染色体的名字、大小等基本信息，内容可以自主更改，不过这里我们先使用Circos默认提供的数据。后续我们还可以把karyotype、ideogram等分别放入各自的.conf文件中，通过<<include karyotype.conf>>等来引用，便于分类管理。现在，我们得到了下图，作为circos环图的最基本状态：除了上述，Circos中进行图层设置的还包含<ticks>模块来描述染色体上的刻度及区块，<zooms>模块来描述扩大或压缩的区域等；进行数据设置的还包含<highlights>标识高亮显示、<plots>描述数据图、<links>添加网络连线等；另外还有子模块<rules>描述注释规则、<backgrounds>描述背景图层、<axes>描述坐标轴等。

数据文件格式

Circos主要有四个模块需要输入数据文件，包括karyotype以及<highlight><plot><link>，格式要求都很简单，通过文本进行编辑即可。Circos默认使用空格作为分隔符，也可以在配置文件中通过命令file_delim = t进行设置。

Karyotype可被视为circos环图的数据基础，描述了染色体的相关信息，其基本数据格式如下：

需要注意的是，Circos使用前缀hs代表人类，而这里的chr1实际代表颜色（使用chr表示非物种特异）。同时还可以添加别的信息，如染色体条带等：

其它数据的格式主要有：

[options]里的信息一般是<highlight> <plot> <link>里用到的变量或是颜色之类，如：

对于链接数据links，格式有两种，一种是两个端点在同一行，即：

另一种是通过唯一的id来标识两个端点：

原文链接https://wenlongshen.github.io/2017/03/19/Circos-1/