当论文手稿提交给期刊后，手稿需要经过编辑审阅。在当今许多学术期刊中，尤其是顶级期刊如Nature和Cell及其子刊，编辑是职业编辑。这与传统学术期刊的科学家兼职担任编辑不同。无论是职业编辑还是业余编辑，他们都对论文有重要的决定权，例如在顶级期刊中，大部分论文被编辑拒稿，即不被送审。

科学期刊经常招聘刚毕业的博士研究生或有更多科研经历的博士后作为职业编辑。从盈利的角度来看，这种做法可能具有市场需求，其中原因可能包括提高产量和影响力。由于一线科学家的数量和精力有限，并且他们独立的思考和观点会影响期刊的发展，因此聘用资历较浅的科研人员成为这些期刊的首选。

有趣的是，尽管这些职业编辑根本不是科研界的顶尖人物，但他们在某些地方却受到非凡的礼遇，几乎像科学界的领袖人物一样。对此大家心知肚明。

职业编辑对论文水平的评判权力很大，但他们是否具备评判能力可能具有争议。我们可以这样思考这个问题：完成博士学位后，人们通常会认识到自己刚读研究生时根本就是个小白；完成博士后训练后，人们通常会感到自己的思考深度和广度比博士毕业时显著提高；一个在某个领域内建立了开创性科研的科学家也会觉得自己刚建立实验室时还非常不成熟。根据这个思路，如果你是一个博士研究生，刚完成了一篇论文，你会把这篇论文交给一个本科生来初评吗？这个类似的情形在某些顶级期刊上实际上就发生了。

要辨别一篇论文是否具有真正的创新和扎实，需要相当的经验和洞察力。如果没有相当长时间的科研第一线的探索经验，这是很困难的。（这里的探索指的是扎实而严谨的探索，这种能力并非每个科研人员都具备。）对于不再从事科研的职业编辑来说，达到这种水准几乎不可能。职业编辑有自己的科研训练和眼光，他们能培养出对特定类型的高水平论文的敏感，主要评估其新颖性和完整性，但和科学家看问题的角度未必重合。首先，在科学发展的长期轨迹上，判断是否新颖往往很困难；职业编辑的判断更多地基于期刊追求的高影响力和媒体冲击力。第二，对于职业编辑来说，判断研究是否足够深入和完整往往是表面上的评价，他们会检查研究是否具备1-2-3乃至4-5的机制。如果觉得不符合这个标准，他们会考虑拒稿。

职业编辑的偏好对科研发展影响巨大。由于科研评价体系的压力，科研人员更倾向于选择在高影响力期刊上发表。而期刊可能更倾向于接受具有突破性结果或引人注目的研究，而忽视一些微小但重要的工作。这可能导致一些研究被过度强调，而一些有价值的研究被忽视或低估，从而导致整个研究领域的失衡和某个研究方向盲目发展。

追求深入机制也对科研文化带来负面影响。真正的生物学机制探索，即使从1到2都是相当了不起的成就，更不用说从1到5了。我们读读生物学教科书，会发现能够清楚讲解1-2-3的机制并不多；即便有，也是许多实验室十年二十年、几十篇上百篇论文的工作。期刊追求深入的机制，一个恶劣的后果就是让许多投机取巧的人去牺牲科学的严谨性，用表面上合理实则牵强的机制包装他们的科学论文。另一方面，期刊对于经过美颜的网络红人面孔已经司空见惯，难以对没有修饰的天然美女产生兴趣，这让踏实严谨的科研人员投稿变得更加困难。

需要强调的是，上述问题虽和职业编辑有关，但并非他们个人的问题，而是由整个体系造成的。

这些问题已引起科学界的关注。当前的科研论文出版机制已经不适应科研需求，在某种程度上阻碍了科学的健康发展。要解决发表偏见和评价体系的问题并非易事（科学家也常有偏见）。有意识变革的科学家们正在积极推动新型科学论文出版模式的实施。实现长足进步需要科研人员、期刊编辑和学术界共同努力推进改革。