最近写的一篇中文稿件“基因调控工程的概念、原理、方法与应用”投稿到“生物工程学报”被拒稿。现把审稿意见以及本人的逐条答复记录在案，发布于此。

审稿意见1：

审稿意见1答复：

1.提出概念的时机问题

  初审人认为，本人提出的概念仅仅是通过查阅文献，而提出来的。这不是事实，至少不是全部事实，因为文章中也有本人关于氢气生物学的研究成果，并非完全是综述他人的研究。此外，初审人认为，提出概念必须是“基于自己理念、观点或想法实现了一个重要突破之后，再提出来概念性的东西”。这完全是初审人个人的观点，完全不是学术界的标准，学术界也根本没有这样的规定或规范！初审人无非就是想说本人还不够格提出新概念罢了，这充分暴露了初审人的学霸作风。

2.关于立场问题

  初审人居然以立场问题拒稿，这是前所未见的。初审人显然是转基因生物释放大自然的坚定辩护者，立场先行而对本人进行攻击，这完全有违学术道德！

  初审人毫无根据地攻击本人“否定生命信息的可变化性”，本人文章中根本没有半个字否定生命信息的可变化性！因为观点立场不同而毫无根据、无中生有地捏造“罪证”，简直太令人大开眼界了！

  初审人既然承认“由于人类认知的不足，某些人为改变生命信息会中存在一定的“安全”风险”，为什么别人据此提出避免安全风险的措施和办法就是立场有问题呢？！初审人竟然又捏造事实攻击本人“反对对遗传信息的修饰，包括转基因、基因编辑等等新的生物技术手段”，本人无非就是指出这些技术手段存在安全风险罢了，而这个安全风险也是初审人自己也承认的，怎么我提出了避免这种风险的技术方法或措施就变成了“反对对遗传信息的修饰”呢？本人本身就是从事转基因技术研究的科学工作者，转基因技术已经成为分子生物学研究的必要手段，我怎么会反对呢？但是，转基因的安全风险问题就连初审人自己也承认，既然有风险，难道不应该想办法加以规避？现在世界各国报我们中国都制定了转基因安全监管法律法规，这不是闹着玩的吧！

  初审人的两个观点，无非表达了他自己的观点，不但并非学术界的金科玉律，而且实际上是完全错误的观点。他虽然承认“人为改变生命信息会中存在一定的“安全”风险”，但他却宣扬“人有能力修改生命信息自然的一部分，就象自然中病毒能修饰宿主的生命信息一样。”，这完全是自相矛盾！既然是自然界的一部分，何谈所谓的安全风险？！我们所讲的“人和自然”，强调的是人类与自然界存在某些不同，人类的认知能力决定人类的行为，人类既可以保护自然也可以破坏自然。假如按初审人的论调，人类破坏自然界的行为也属于“自然的一部分”，那么是否意味着我们人类不应该去制止破坏自然界的行为呢？！

   初审人以自己的错误观点、错误立场为依据，强行打压他人的观点，再次暴露其学术无知与蛮横的行为！

3.关于逻辑问题

  初审人认为，已经在应用的技术方法，“再发明一个新词，没有意义与价值。”这哪里是什么逻辑问题？！初审人到底学没学过逻辑？！

  初审人到底有没有看完我的稿件？所谓综述，当然是介绍已有的技术方法，否则那就是研究论文。介绍已有的技术方法难道不可以有自己的归纳总结和升华？初审人出于个人好恶，认为我提出的新概念没有意义和价值，这是他希望扼杀我的新概念罢了。是否有意义和价值，学术界自有公论！

4.其它问题

  初审人指出的所谓其它问题，简直是鸡蛋里头挑骨头。他说“有些表述过于含混，传递信息不明确，存在误导性。如：PP2第三行“并从实验室快速蔓延到了大自然” 同页第7行“人类对生命奥秘的了解总是存在着未知的领域”。。。“基调工程相对于基因工程具有无可比拟的优越性””。这些说法怎么就传递信息不明确了？！转基因生物“从实验室快速蔓延到大自然”怎么就传递信息不明确了？！无非就是初审人“立场”不同罢了！他不认为转基因生物从实验室蔓延到了大自然，他觉得转基因生物本来就是“自然的一部分”！“人类对生命奥秘的了解总是存在着未知的领域”这又怎么不明确了？！初审人自己也承认“诚然由于人类认知的不足”，换个一个说法怎么就听不懂了？这是什么文化水平？“基调工程相对于基因工程具有无可比拟的优越性”，这句话就是我提出的“基因调控工程（简称基调工程）比基因工程具有更大的优越性”，这么简单的话语也看不懂？！文章一开始提出基因调控工程的时候就已经做了简称处理，如果初审人是因为这个简称而看不明白，正好说明初审人立场先行，压根就没有认真看本人的文章！

审稿意见2：

审稿意见2答复：

1.关于“意见1”：“作者为了突出“基因调控工程”的概念，在引言和结尾部分强制割裂“基因工程”概念，认为基因工程就一定会造成基因的突变，似乎不太合适，事实上基因工程是一个大的概念，包括一切对分子水平的修改、修饰、调控等过程，本文的“基因调控工程”应该属于“基因工程”的一部分内容，而不应该对立起来做比较”

  基因工程的概念，翻开任何分子生物学教材基本都是这么写的：“基因工程（genetic engineering）又称基因拼接技术和DNA重组技术，是以分子遗传学为理论基础，以分子生物学和微生物学的现代方法为手段，将不同来源的基因按预先设计的蓝图，在体外构建杂种DNA分子，然后导入活细胞，以改变生物原有的遗传特性、获得新品种、生产新产品的遗传技术。”虽然文字可能会大同小异，但基本都是认为基因工程是改变了（基因工程受体）生物体的DNA。这本来是大学生甚至是高中生的基本常识。我不清楚，作为《生物工程学报》的编委，居然连这个常识都不懂吗？既然“基因工程”会改变生物体的DNA，那不就是会造成基因突变（基因组的改变）吗？而且，本人并没有专门强调“基因突变”，仅仅指出“基因工程”会改变生物体的DNA这一基本事实，怎么就不对了？！初审人认为基因工程也包括了对调控过程的改变，这是没错的，但是这个调控过程的改变是通过“改变生物体的DNA”所导致的改变！改变了基因（DNA），其所涉及的基因调控过程也会发生改变，这是一个基本的简单道理。这个基因调控过程的改变，却完全不同于“基因调控工程”所引起的基因调控改变，因为“基因调控工程”是“不改变生物体的DNA”。初审人认为我是“割裂”基因工程概念，我看是他完全没有理解基因工程的基本改变，也没有理解“基因调控工程”的基本概念。事实上，是否改变生物体的DNA，正是区别“基因工程”与“基因调控工程”的本质特征！怎么能说我是割裂了基因工程的概念呢？所以，“意见1”完全是初审人对基本概念的误解所导致的。

2.关于“意见2”：

（1）“通读全文后发现作者“基因调控工程”概念的实现，终究还是要借助分子生物学理论的不断突破，因此引言部分所谓“基因工程贸然修改大自然的生命杰作，无疑存在着不可预料、不可掌控的风险，包括生态风险、食品安全风险以及人类自身生命遗传系统的安全风险。”的表述是否太过以偏概全？”

    初审人质疑我说的“基因工程贸然修改大自然的生命杰作，无疑存在着不可预料、不可掌控的风险，包括生态风险、食品安全风险以及人类自身生命遗传系统的安全风险。”的表述太过以偏概全，是在不明白他所质疑的“点”在哪里。基因工程改变生物体的DNA存在着“不可预料、不可掌控的风险，包括生态风险、食品安全风险以及人类自身生命遗传系统的安全风险”是全球学术界所公认的事实，世界各国也正是基于这个认识才成立各国的基因工程监管机构以及全球性的联合监管机构。这难道不是事实吗？！也请编辑部编辑自己去查询一下，我的说法是否有依据。我就觉得很好奇，为什么国内学术界竟然还有人否认基因工程存在潜在的风险！即便是认为经过安全认证的转基因生物是安全的，那也是有一个安全认证的前提条件，假如基因工程是无条件绝对安全的，世界各国又何须成立专门的监管机构是监管呢？又何须进行所谓的“安全认证”呢？这本来是基本常识！基本常识啊！

    初审人认为，本人提出的“基因调控工程”“终究还是要借助分子生物学理论的不断突破”，是啊，本人完全没有否定分子生物学理论，恰恰相反而是需要依赖于分子生物学研究的最新成果。但本人提出的“基因调控工程”终究要依赖于分子生物学研究成果，并不能得出本人就一定要承认“基因工程不存在潜在的安全性风险”啊！这根本没有逻辑关系。分子生物学理论本身当然不存在安全性问题，它是科学理论，告诉我们生命在分子层次是是如何运作的。但是，基于科学理论发展而来的工程技术却是双刃剑，它可能存在风险，也可以为人类造福。这也是基本常识。比如，核物理科学成果，可以用来建造核电站，也可以用来制造核武器。这已经是老生常谈了。我真不知道初审人在质疑我什么“以偏概全”。

（2）“作者认为对基因的改变会造成风险，如果没有目的基因功能的研究，估计没多少人敢贸然对重要生命体的非常重要的功能基因进行编辑或修改。同样要实现有效的“基因调控”，也需要对某个，或某类基因的分子机理进行研究，才能达到预期目的，也就是作者的“白箱”理论，否则一样会造成严重伤害，医学、植物、动物以及微生物，甚至人类的发展不都经历过恶劣环境造成的物种死亡甚至灭绝吗？而所谓的“黑箱”与“白箱”的结合事实上是基于人类几千年前来生活经验的总结和现代科学研究成果的结合，不是“盲目摸索”和“定点打击”。之所以造成上述概念上的混乱，究其原因就是作者将“基因工程”和“基因调控工程”两个概念强制剥离，以对比的形式进行论述，建议修改后再考虑发表，否则恐存在概念混乱，立题不稳的问题。””

    这些话也反映不出初审人究竟在质疑什么，却在指责我概念混乱。前面已经说了，实际上是初审人自己逻辑混改、概念不清，为了拒稿胡乱编些理由。基因工程也好，基因调控工程也罢，它们都是基于分子生物学研究成果的工程技术，自然都需要搞清楚基因的功能与调控分子机制，这本来也是基本常识。我有否认什么吗？实际上，本文最后“总结与展望”部分还专门论述了“基因调控工程”的安全性问题，本人也没有认为“基因调控工程”也应该谨慎，需要注意规避风险，并提出了规避风险的具体办法。既然初审人也承认本人提出的“白箱”“黑箱”相结合的办法，真不明白他究竟质疑我什么呢？

3. 关于“意见3”：

（1） “人类甚至已经对人类自身的基因组进行编辑修改”此处建议增加参考文献；

 举世皆知，妇孺皆知，家喻户晓，需要一定增加参考文献吗？我觉得没有必要添加文献，因为我陈述的只是一个公众界熟知的事实。

（2）“由于存在等位基因随机表达的机制[10]其表型也会完全不同。”这句话如此表述是否太过绝对？“完全不同”的概念太大，建议改为“其表型也会发生显著差异”；

    “也会完全不同”，这个表述的意思就是存在“完全不同的可能性”，当然也可能差异不大。初审人认为我的说法“太过绝对”建议改为“其表型也会发生显著差异”，实际上他的表述跟我的表述没有任何实质区别。“完全不同”与“发生显著差异”有多大区别？显著差异还能说相同吗？其实，他的意思跟我的是一样的，就是表达会出现“显著差异”的可能性。他用的词也是“也会”，潜台词就是不能排除这个可能性。

（3）“不同细胞、组织和器官中的基因表达也存在特异性，在相同的环境下也会表现出不同的表型。”这里不同细胞、组织中的基因如果是不同基因，恐无对比性，因此建议改为“不同细胞、组织和器官中的同一基因表达也存在特异性”；

    这句话是有上下文语境的：“即便生物体具有完全相同的基因型，由于存在等位基因随机表达的机制[10]其表型也会完全不同。不同细胞、组织和器官中的基因表达也存在特异性，在相同的环境下也会表现出不同的表型。即便是同一个细胞，在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况也是不完全相同的。”前面已经讲了，即便相同的基因型，其表型都有可能会因各种机制而有不同，那么在不同的细胞、组织或环境下，管它基因型是否相同，其表型存在差异也就很正常了。初审人建议按他那样改，看似“严谨”，因为有相同的基因型作为对照，其他条件不同作为“实验组”，其实是因为它脱离语境，死板教条地理解原文的含义。

（4）“而生物体的表型是基因在分子、细胞等微观层次表达调控的总结果”，此处不仅是基因在分子、细胞，应该还包括组织、时空等层次的表达，因此用“微观”二字不合适，建议修改。

    本人提到“微观层次”，是因为我前文列举的“分子”和“细胞”都是微观层次的，难道我要说它们是宏观层次吗？他说还包括“组织、时空等层次”，似乎显得更加全面，但实际上是不懂基因表达调控的含义，因为基因表达指的就是分子和细胞层面的分子变化，虽然涉及到基因在不同组织和时空的表达，但那也是不同组织里面的分子与细胞层次，不同时空的表达仅仅是在生物个体生长发育的不同阶段下其分子与细胞微观层次的表达。如果是组织、器官或个体层面的可观察性状，那就不是基因表达的内容了，那恰恰就是基因表达的结果，也就是表型研究的内容！

  4.关于“意见4”：“对于公式的建立，建议作者再斟酌，生物体一生的生活环境不会一成不变，如果一直处于某个相对稳定的动态环境中，其内部基因的表达也相对稳定。一旦出现某类型基因表达的大幅变化，一定是经历了某种生物或非生物环境的剧烈变化，变化时间的长短也决定内源基因的响应，经过一段时间的适应后会再次回到平衡，因此用单一生境，单一时间建立公式恐不全面。此外，基因型和表型的对应也不是线性关系，一个基因型可能对应多种表型，而一个表型也可能需要多种基因型的综合调控。”

    初审人认为我的“公式”需要再斟酌。实际上，那个“公式”根本就不是什么“公式”，而仅仅是我的一句话的数学表达。这句话是“设生物体的基因型为G，某种环境条件为Ei，该生物体在该条件下生长时间t后所呈现的表型为Pi，则，对于基因型为G的某种生物体，其表型Pi是其在特定环境条件下Ei生长t时间后的总结果。”你如果觉得我这句话没问题，那就行了。你觉得这个数学表达式不好理解，或者可能不全面，这个可以考虑删除了它。因为删除它根本不会对我的文章造成任何实质影响。

    已根据审稿人意见进行了稿件的修改，把“也会完全不同”改为“也会发生显著差异”，删除了“数学表达式”一个小段落。

   希望编辑部认真考虑本人的意见回复说明，对新修改的稿件给予合理处理，谢谢！

审稿意见3：

审稿意见3答复：

本人对你们的编委审稿人感到很无语。本人稿件内容本来就是对几千年来的探索进行的一个综述，从理论的角度进行提升，强化一种不改变生物基因组DNA的生物工程观念，目的就是要在吸取现代分子生物学研究成果的基础上，避免基因工程贸然改变生物基因组导致的潜在风险，其学术价值和现实意义是显而易见的。本稿件并非研究性论文，而是综述性论文，综述性论文就是应该将前人的研究与探索进行总结，然后提出自己的观点和分析。几千年来的农业与医学探索与实践，虽然实际上都是在进行“基因调控工程”的实践，但是这些实践都是盲目的，它们并没有理论上的支持和指导，人们并不清楚这些实践与基因调控的关系，即便分子生物学大发展的今天，人们的注意力也主要集中于通过基因工程去改变生物的表型，而通过以组学为代表的系统生物学工程有目的地进行表型调控的研究仍然不多，目前正处于新兴状态之中！你们这些编委审稿人，由于长期受到“基因工程”绝对安全思想的影响，顽固地排斥新兴的技术，实在是思想僵化落后！可悲可叹！

初审了三次，结果都是如此结果，我不明白为何就不外审呢？编辑部就靠初审决定稿件的吗？请问，第三初审人是否就是第二初审人？既然第二初审人让修改后再投，为何按其要求修改之后，审稿意见又不同了呢？

几次给贵编辑部回复信息，也没有任何回音，对投稿人没有表现出起码的尊重。不知道贵刊究竟是怎么回事。

对于审稿意见我都有逐条回复（第一个审稿意见回复在邮箱，第二个不仅在邮箱回复也在投稿系统上传），但不见编辑部对我的回复有任何反馈。难道我的回复没有道理吗?如果我的回复能够回答审稿人的质疑或反驳其观点，他们的意见就应该无效才对吧？为何无视我的意见回复，默认其审稿意见为真理呢？专家都是相对的，我去审他人的稿件，我也是专家。专家的意见是否正确，不能仅仅以专家的身份来判断，您说呢？

就本稿件的审稿意见来看，总结起来主要就是两点：第一，就是说我的观点立场不对，就是指出了基因工程存在潜在的安全风险；或者说认为我提出的“基因调控工程”就是基因工程的一部分，是我割裂了基因工程的概念；第二，就是认为我没有必要提出“基因调控工程”的概念或新名词，因为几千年来以及现在农业上都在做的事情，没有什么新意。您看我总结得对不对？对于这两点，我都有详细的回复，不知道审稿人是否看了我的回复，他们看过回复之后又是什么看法呢？为什么对我的意见回复总是没有任何反馈？

昨天在群里谈到这个问题，“生物工程学报”的陈宏宇先生作了回应：