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Cameron谈开放获取(Open Access),我顺谈PLoS ONE 精选

已有 18473 次阅读 2012-12-28 13:18 |个人分类:一起读顶刊|系统分类:科研笔记

2012年,科学网谈论开放获取(open access,简称OA)的文章不少。这一年对全球的广大科研工作者来说,也是开放获取重要的启蒙、宣传和推广的一年。在上周出版的Nature周刊(2012-12-20)中[1],Cameron Neylon就发表了一篇文章,对开放获取进行了总结和说明。他认为:“2012年末,对于研究的结果是否应该可自由获取已经不再有什么争论,剩下的就是找出什么时候以什么方法允许获取。研究人员应该看到OA在2012所取得的引人瞩目的成就。这种转变,以及政府和资助者越来越乐意采用开放获取的方式,应该不仅仅是可以获取的好处。开放获取可能会提高研究本身的效率,为公共投资获得更大的回报率。”因此,“自由获取是不够的。为了让公众利益的价值和投资回报最大化,研究成果必须是可重复使用的。这不仅意味着使数据或文章可以通过互联网访问,而且要保证创新者可以管理自己的素材,包括挖掘、转化,或通过具有创造力的方式表现出来。”


Cameron是何许人也?其实,Cameron在科学界是非常有名望的,这归功于他的专业精神、经历、在学术出版业中的眼光和影响力、沟通能力以及科学研究。他之前曾担任过PLoS ONE的学术编辑,今年七月他加入公共科学图书馆(PLoS)出版团体,担任促进事务部主任。卡梅伦一直倡导开放获取的发展战略,并致力于驱动研究交流方面更广泛的改革。他经常发表一些文章,探讨有效利用互联网进行学术交流的技术和社会问题。


Cameron之前曾经也供职过英国维康信托基金会(Wellcome Trust),因此,在他的文章中,他以自己熟悉的两个机构:英国研究理事会(RCUK)和英国维康信托基金会(后简称Wellcome)为例进行了说明,他认为,2012年OA最重要的政策举措都来自于这两个机构。而且,从2013年4月开始,RCUK资助的论文必须提供免费获取。值得注意的是,政策的核心目标是最大化研究成果的可重用性(reusability),而不仅仅是能提供免费获取。从让研究成果可用性出发,技术层面上规范的数据和知识的恰当表现形式可让其更容易转化。马上会遇到的是法律上的挑战,Cameron认为知识共享许可制度(Creative Commons licences)可能是一个不错的工具,让科学家可采用一些合理的方式重复利用一些研究成果,他将此定义为“可重用权”(reuse rights)。例如,RCUK和Wellcome就是采取的知识共享协议CC BY许可:如果版权所有者愿意贡献出来的话,允许任何类型的可重复使用。PLoS也是采用的这种CC BY策略,CC BY成为了OA出版业的标准,目的是创建一个可免费获取和自由可重用文献的过渡。


让论文可获取并不困难:出版社可建立免费获取的在线版本(“金色库”);机构、学科或资助者也可建立知识库提供可获取的版本(“绿色库”)。而Cameron称这两种方式分别为期刊介导的OA和知识库介导的OA。过去十年,知识库介导的OA已经提供最大的可获取性。据估计,全世界超过20%的同行评议的文献可通过这种机制免费阅读,这要归功于美国国家卫生研究院(NIH)的公共访问政策。该政策要求:受NIH资助的论文,在经过同行评审后,出版12个月以内的版本都被存入PubMed的在线档案中。到目前为止,这个存档文件库已经拥有约250万篇文章。


Cameron认为,PubMed和其他学科与机构知识库在成功的同时,也暴露了一些弱点。尽管现在有数以百万计的文章可供阅读,但大多数内容除了阅读并不能用于其他任何方面。例如,如果您希望索引一组论文中所有基因的名字,并把它们放在一个网站上,或转化这个知识,汇总在文本或图像中,或仅打印出所收集论文的几个拷贝,此时你只能使用具有知识共享许可的文章,那就被限制在约50万篇论文中。对于商业用途来说,受到的限制更大,只有更少一些具备CC BY许可的论文可供使用。


越来越多的证据表明,让研究成果的重使用可让创新研究有最大化潜力。曾经有一个自然实验,研究者与NIH签订了一项协议,让研究中的一组老鼠品系可自由获取,之后因这个品系产生了更多的引用,并变得更加丰富而带来更多应用研究。另外,由公共资金资助的人类基因组计划产生的是自由可重用数据,到现在,仅仅在经济上就产生了141倍的巨大投资回报。与此相比,1998年,克雷格·文特创办了塞雷拉基因组(Celera Genomics)公司,以商业公司的形式开展自己的人类基因组计划并进行封闭测序,希望将研究成果申请专利,并对外界收费获利。现在发现,执行开放获取政策的可重用数据却比这个公司多产生30%的新临床产品。


显然,资助者不可能简单地通过要求论文有一个CC BY许可来解决可重用性的问题。当资助者不承担出版费用时,对他们要求特殊的许可条款会更加困难。为了打破这种僵局,一种办法是购买出版服务。当赞助商支付出版服务,他们就有资格要求提供某种服务。RCUK和Wellcome就要求他们资助的论文必须提供CC BY许可。SCOAP3在粒子物理学领域创建了一个杂志介导的开放获取环境。他们通过竞争投标,来获得他们需要的服务,让许可条款成为需求的一部分。另一种方法是建立在NIH上的政策,规定受资助的作者对其研究保留权利,这样其成果就可放入知识库中。


RUCK等的政策也受到了一定的批评,主要集中在过渡期成本的问题上。现在,有些是执行开放获取与传统出版混合的方式,这意味着机构将同时支付订阅费和出版费。基于这种费用进行简单的计算就可以发现,通过开放获取的方法,所有机构都会节省开支的,过渡期几年的投资可看做是为今后的智能管理所服务的。所以机构应抓住这个机会与出版社进行更有想象力、可互利的协商,节省过渡期的成本。


同时,Cameron还举了粒子物理学研究中的成功案例。21年来,该领域近100%的论文是通过arXiv进行开放获取的,而这并没有降低粒子物理期刊的订阅。当这个研究领域通过“粒子物理开放获取出版资助联盟”模式(SCOAP3),利用其联合购买力时,整个领域就被转化为全方位的开放获取,而无需额外的过渡成本。


最后,Cameron强调,任何改变都是有风险的。探索中不能裹足不前,应该充分利用Internet的优势。这种许可制度只是优化的一部分,但它是我们今天可以解决的一个重要元素。


最近,科学网谈论PLoS中的一个重量级杂志PLoS One的人不少,而且褒贬不一。让我们也先来看看PLoS One对投稿的要求[2]

1. The study presents the results of primary scientific research. (研究呈现了原始科学研究的结果)

2. Results reported have not been published elsewhere. (所报道的结果并没有在其他地方发表)

3. Experiments, statistics, and other analyses are performed to a high technical standard and are described in sufficient detail. (实验、统计和其他分析具有一定的高技术标准,并描述了充分详细的细节)

4. Conclusions are presented in an appropriate fashion and are supported by the data. (结论用合适的方式表现出来,并受数据的支持)

5. The article is presented in an intelligible fashion and is written in standard English. (文章用标准英语写作,而且是可以理解的)

6. The research meets all applicable standards for the ethics of experimentation and research integrity. (研究符合所有标准实验伦理和科研诚信的标准)

7. The article adheres to appropriate reporting guidelines and community standards for data availability. (文章遵循适当的报道路线以及可用数据的公共标准) 


从这个要求来看,似乎只是说明了杂志对论文的普通规范,无任何特殊之处。整理网友在不同地方对PLoS One的看法,总结如下。褒扬这个杂志的人认为:(1)杂志对学术规范要求很高,思路必须足够新颖,设计必须足够合理,文字撰写必须足够好(对英文表达要求很高)。(2)相较其他杂志,编辑的偏见少些,文章曝光率远远高于传统期刊,所做的工作容易及时得到同行的检验。(3)影响因子高,发表周期快,便以交流。贬抑这个杂志的人认为:(1)文章不考虑论文学术影响力,学术水平(投稿要求中的确没有说);任何学术论文不考虑方向,不考虑价值,不考虑观点是否正确。(2)杂志一个重要的目的就是为了盈利,为了支撑PLoS系列其他杂志的生存。收费太高(可以申请减免)。(3)每年发表的文章数量太多(2012年超过2万篇),文章水平参差不齐,许多是灌水的论文。


的确,在学术界,目前任何人都不能忽略PLoS One的存在了,其影响力已经超过任何出版物,可能成为学术交流和论文发表的一种规范,而且影响力在不断增强。在评价该杂志上,我非常同意孙学军在他博文中的看法:“鉴于这一杂志在接受论文方面的相对公平性、新颖性和影响力,可用这个杂志上发表论文数量来分析一个国家和学术机构的相对影响力,特别是基本符合国际规范的学术规模。当然优秀的学者不会把这个杂志发表论文作为最终的追求目标,但必须作为一个重要的交流平台和信息获取来源。[3]


好酒不怕巷子深,在大家兴高采烈地完成了一个自我感觉良好,创新性强的工作,却无法发表出来的时候,可鼓励投稿这个刊物。学术界有一句流行语:“ Published or perished ”,意思是一项研究成果如果没有机会发表出来,与同行们进行充分交流,就意味着这个研究成果已经悄无声息地死亡。是否好工作,我想时间会检验一切的。因此,工作的好坏,不是根据是否在PLoS ONE上发表来论定,而是时间考验出来的文章质量。


最后,用我在其他博文后的留言来结束本文。我认为:降低发表论文的门槛,是有其进步意义的,可使得一些具有潜在价值和“离经叛道”的论文早日面世,所做的工作容易及时得到同行的检验。但是,如果有人本来就是将PLoS ONE作为垃圾堆扔过来的垃圾,就不要到处宣扬自己发了一篇二区刊物的文章了。


【名词:开放获取(OA)】

开放获取是指把同行评议过的科学论文或学术文献放到互联网上,使用户可以免费获得,而不需考虑版权或注册的限制。开放获取运动旨在打破学术研究的人为壁垒。ISI对它下了一个简单的定义:任何经由同行评论的电子期刊,以免费的方式提供给读者或机构取用、下载、复制、打印、发行或检索文章。作者可保有著作权,但在出版前需付500至1500美元予出版社。OA的出版方式包含很广,有出版后完全免费利用全文者,有的则限于出版后一年才公开使用的全文,有的出版社甚至仅提供免费的目录或摘要内容。采用开放获取,目前有两个途径:1)开放获取期刊(OA Journals),采取读者免费,作者付费模式。代表期刊有:PLoS Biology, BioMed Central (BMC), New Journal of Physics (NJoP)等。2)作者自存档(Author-Self Archiving),即作者把将发表,或已发表的研究文章以电子格式放到专门的开放获取知识库中与同行交流。代表:arxiv.org, qiji.cn/eprint等。  


【参考资料】

[1] Cameron Neylon. Open access must enable open use, Nature, 493: 348-349 (2012-12-20). 

[2] PLOS ONE Publication Criteria (http://www.plosone.org/static/publication;jsessionid=3C8FFCF596D0001E4FC43CADD6156762)

[3] 孙学军。Plos One已成为中国学者追求目标(http://blog.sciencenet.cn/blog-41174-646877.html)




https://blog.sciencenet.cn/blog-502444-647208.html

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