凭自己的理解,随便写点东西.点到为止,不做严格的推导,也不刻意提供参考文献,如有误导概不负责.

1 定位的对象:性状

    性状可以分成两类:质量性状和数量性状.不过这样分还是有点问题.从定位的角度看,分为简单性状和复杂性状比较好.所谓简单性状是指其分离符合孟德尔分离的性状,而复杂性状的分离比不符合孟德尔定律,常常表现为连续分布或者正态分布.

    要对性状进行准确定位的前提:性状能进行准确的表型鉴定,如果性状受环境影响大,能在特定的条件下进行准确的表型鉴定.如果不能获得准确的表型数据,那也不用考虑定位了,或者换个性状来定.

2 什么叫定位

    定位的对象是性状.性状是由基因决定的(可以这样简单的理解,不过性状不只是基因或者单个基因决定的),当然我们就很想知道决定性状的基因是哪个.从图位克隆的角度出发,我们需要知道它在基因组的哪个位置.确定其在基因组中的位置,这叫定位.

    这里的基因组常常考虑的是核基因组.基因组由不同的染色体组成,例如水稻12条染色体,每条染色体都有自己的名字.水稻全基因组序列都有了,所以每条染色体的序列已知.对定位来说只是定到哪条染色体上,当然太粗糙了.因为1条染色体上有太多的基因.所以得想办法得在每条染色体上作标记,把染色体分为不同的区段,不如A B C D E....Z,如果定在第1染色体的A B区段,当然比第在第1染色体更精确.当然按照同样的方法,在A B区还可以进一步细分,这样不段的缩小区间,直到发现性状控制的基因并得到确认.

    很显然有个问题,这里用来区分染色体的A B C D E是些什么东西?分子标记.

3 分子标记

    作定位,当然离不开标记.因为所谓的定位就是要搞清楚,控制表型的基因是和哪个标记连锁或者位于哪两个标记间.接2的话题,你怎么判断基因是在哪个染色体上,或者在哪两个分子标记间?

    这得利用作图群体。作图的基本理论依据有两个：1 孟德尔遗传定律 2 连锁定律。

    根据孟德尔定律单基因控制性状的分离比在F2群体中为3：1（显性：隐性），或1：2：1（如果可以区分杂合子的表     

型）。

    而分子标记可以看成是一种性状，当然分子标记一般情况是应该按经典的孟德尔分离比分离。显性标记（3：1）（所谓显性标记，是指标记表现条带有无的多态性，不能区分杂合子。如RAPD标记，当然现在用得比较少了。）共显性标记（1：2：1），这常表现为条带大小的差异，如SSR，A亲本扩增出100bp条带，B亲本300bp条带，F1，两条带100和300bp.

    从这里也可以看出分子标记的一些特点。初学的时候分子标记可能并不是那么容易理解。所谓标记，的意思是有区分能力。所以分子标记的最重要的特点是多态性，没有多态性的“标记”是不能用于作图的。道理很简单：在分离群体中是不分离的，既然不分离，无法观察它的遗传行为，也无法建立它和表型间的联系。所以作图时需要有个筛选多态性标记的问题。实际上，在我看来没有多态性根本就不能叫标记。所谓的标记应该是和特定的群体有关的。比水稻的RM80一般来看，这是一个SSR标记，但如果两个亲本用这个引物来扩没有多态性，那他就不能作为标记，如果两个亲本间有多态性，那它可以用来作为一种标记。这表明他是不是标记和具体的分析群体有关。

   所以，我理解分子标记从两个层面来理解：1 多态性产生原理，如SSR标记，是由于不同品种间串联重复单元的不同，产生扩增产物大小的不同。2 检测多态性的方法，如SSR标记用PCR和电泳的方法来检测多态性，SNP用酶切和电泳的方法来检测多态性，或者用芯片来检测多态性。

   如何判断分子标记和性状间的关系。理论依据是连锁定律。连锁不能直接观察到，但重组可以观察到，连锁越紧密检测到重组的概率越小。这里的重组指的是分子标记和性状间的重组，但其实质是：分子标记和控制性状基因间的重组。这个基因才是最终寻找的目标。分子标记那么多，选哪个标记？所以得用分子标记建个遗传图谱，在图上可以看出目的基因在哪两个分子标记间，这样才能知道下一步前进的方向。

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    待续