GWAS的目的是从常见基因突变(common variant，>5％的人口所具有的突变)中来找到至病的变异。现在越来越多的人开始还疑这个昂贵方法的普适性。因为到目前为止，没有一个真正成功地用这个方法找到至病的变异，只能找到一些似是而非的、有统计意义但没有什么用的突变。(想起了英语的Lies, damned lies, and statistics)。Hall的文中提到普林斯顿大学教授David Botstein认为1.4亿美金的HapMap(人类基因组单体型图计划)是巨大的失败(magnificent failure)。

现在，有些人认为应该找罕见基因突变(rare variant，0.1-1％的人口所具有的突变)中来找到至病的变异。对于这样的变异，GWAS的方法就无效了。这个提议的假定是常见基因突变致病可能性不大，只有罕见基因突变才能致病。

所以在可见的将来，随着下一代测序技术(Next generation sequencing)的普及，寻找常见基因突变的GWAS的死亡将催生寻找罕见基因突变的方法及其应用。一个新的热点即将涌现。敬请大家关注。