其实，在我做助理教授之前有过一次成功的经验。我是申请并得到了博士后奖金才能去了哈佛。但这个成功有一定的水分。因为申请中，未来的老板要写一封支持的信。估计他的信增色不少。那个成功经验对我找工作有用，但对我写项目申请好象没有太多用处。毕竟不是一个层次的。

在哈佛做博士后的后三年，一直在找工作(可参见《 博士后申请被拒之后所引发的故事》)。同时也开始积累一些自己的科研想法。找工作不顺的前两年，我怀疑是由于我用的非连续分子模型模拟蛋白太简单，又主动向老板要分子力学来模拟蛋白质分子动力学方面的题目。蛋白质分子动力学是他创立并以此而闻名的一个领域。他建议我做贝壳类的血红蛋白。因为它不象人的血红蛋白、是一个相对简单的二聚体。而且，实验表明这二聚体在吸收两个氧气分子过程中靠简单的小范围结构变化来互相合作。这个课题花了我不少时间，发现了一些有意思的现象。这时，我有了五个大学的录用通知。因为布法罗给的启动经费最高，我就定下了去那儿［现在我也常常想假如当时去了另一个（更有名的）学校，历史会怎么改写？］。定下之后，我利用余下的时间找博士后，订购计算机。在和老板讨论离开他后的研究方向时，老板同意我把血红蛋白的项目带走。但要求非连续分子简单模型属于他的。也就是说，如果我仍旧用我在哈佛发展的模型做工作，应该是我们之间的合作项目。我很爽快地答应了，因为我觉得他的要求挺合理，毕竟这些工作是在他的指导下完成的。

得到老板的同意后，我在哈佛用血红蛋白的结果作为初始工作写了我的第一个NIH基金申请。我首先向老板要他的项目申请书作为参考。他给了我，但说写项目申请书不是他的特长，建议我找其他更善长的年轻教授。后来我找到一个在名校做教授的朋友。非常感激他大方地给了我他的第一个成功的、完整的NIH项目申请书。根据他的成功例子，我写了整整三个月的时间。第一次精神集中写这么长时间，头都痛了一陈才好。写完之后，又到处征求意见，反馈极佳。项目中最大的创意是用计算机来模拟实验中观察不到的血红蛋白上只有一个氧分子的中间态，有很好的初始数据，同时还有一个做贝类血红蛋白结构实验的教授合作。我2000年6月1日就以布法罗助理教授的身份申请了。完成此项重任后，心里安稳了不少，开着租来的搬家车，带着父母妻女于2000年7月4日去布法罗走马上阵了。

到了布法罗不久，同时认识了三个与我同系同期报到的助理教授。其中一个最牛，已经拿到一笔大经费了。没得说，我和其他两人都很羡慕他。过了三个月之后，在望穿秋水之后，我等到了NIH的通知。但却发现我的申请报告由于不在前一半(top 50%)，根本连评分也没有。这对我而言是晴天霹雳，一点心里准备也没有。我告诉我太太时，实在控制不住自己，这可能是我太太头一次看见我掉眼泪。我辛苦那么长时间、朋友的评语那么好，却得到这样最差的结果，这是我无法忍受的痛。与此对应的是，我的另外两个同事之一顺利地拿到他的第一笔NIH经费。

又过了一个多月，我终于收到了两个评语。一个是认为初始数据不够多，取样时间不够长。另外一个干脆认为没有创新。取样时间不够长是分子动力学的通病，而研究中间态不算创新我又有什么办法去说服？总之，不知道如何修改。系里长老一致认为贝类血红蛋白这个体系NIH不会有兴趣，这才是根本的原因。建议我送到NSF去。我把我的申请书重新包装并加了新的结果作为初始数据。同样我给了布法罗有NSF经验的同事审阅。他认为没有什么问题。又过了半年左右，得了一个杰出，两个很好 （三个杰出，才有希望）。大多是一些细节问题。我根据建议修改之后，再送了出去。再过了半年左右，又退了回来。这一回，除了原来三个审阅者之外，还有三个新的。旧问题解决了，三个新人有新的意见。到此，我对这个项目彻底绝望、只好放弃了。因为不可能打中一直在动的目标。用于初始数据的结果最后于2003年在J. Molecular Biology上发表。我再也没有在这个方向继续做下去。主要原因是我对蛋白质分子动力学模拟兴趣不是太大。它的计算时间太长，这方面的比我高明的专家太多，我没有什么独特优势。这也许是我失败的根本原因吧。

上面提到我在哈佛时准备了不少自己的想法和思路。刚到布法罗时，主要精力放在和我的博士后一起试这些想法，同时不断看文献寻找新的思路。不久我们发现绝大多数的思路在实际工作中不见效。幸运的是其中的一个想法的结果还不错。这个想法是把我在哈佛做的非连续分子简单蛋白质模型发展成全原子模型。围绕着这个新模型，我于2001年10月1日，递交了第二个NIH基金申请。到了2002年2月底，我得到了消息。这回有了分数，总评是38.4% (top 38.4%)，但离20％左右的分界线还差很远。这时和我一起来的其他三个做实验的助理教授都拿了NIH R01的经费了。系里的给我的压力特别大。

幸运的是，拿到评语后，发现大多数属于可以改正的细节问题。除了补充细节之外，我把与实验合作的建议拿掉，因为没有合作的历史，被认为不可靠。我于2002年7月1日，递交了它的修正版。这个修正版于10月底得了18.1%。因为这分数是在得经费的边界上下，我一直到了2003年2月才正式确知经费到手了。我的父亲于2003年1月在布法罗一家医院去世。未能在他走之前得到这个好消息，让他对我的前途放心，是我最大的遗憾。

这次能够成功的主要原因是我开垦了一个自成一体的自留地(niche)。独创还是至胜的关键。在得到这笔经费之前，我还申请了许多其它小的项目，无一成功。幸亏启动经费充足，让我有足够的时间等到我的第一笔经费。不然的话，还不知道我现在在那儿呢。当然我的体会可能局限于计算生物学这个领域，做的项目更实用一些，应该更好写一些，项目也许更容易拿一些。此外，写论文和写项目申请很不一样。论文写已知的结果，项目申请写的是可能的结果。怎样写得逼真、没有漏洞特别是理论计算实在不容易，或者说不可能。所以就有我文章开头所说的要屡败屡战。我的一个同事有连续写了70多项目申请后才成功的记录。此外，一个拿科研经费特牛的大师告诉我，除了多写多投之外（他连续十多年每个NIH的期限都送申请），就是要勇于走出自己研究的舒适区(get out of your comfort zone,参见《克服恐惧，大胆走出自己研究方向的舒适区》)。怎样把自己的自留地开到别人的地盘里，而不引起原来地主的抗议，这才是真正的学问啊。唯一的办法是你那一套，别人做不了或者没想到。换而言之，就是要比较重大的创新哪！这可不是说来就来的。写到这里，我想起了屈原《离骚》里的“路漫漫其修远兮，吾将上下而求索”。象屈原这样聪明的人士也许上下“求索”就行了。我只有一个笨办法，就是前后、上下、左右在黑暗中耐心地“摸索”。英语里有句成话："There is always light at the end of the tunnel"。我们中文里也有句俗语叫“黎明前，最黑暗”。以此结束语为辛苦奋斗中的国内外同行和我自己鼓个劲！