黑格尔在他的《自然哲学》第三篇“有机物理学”里考察的，是达到其实在性的概念，是凌驾于形式差别之上的个体性，而这种概念或个体性作为充实的、自我性的，主观的总体就是生命。他把生命视为辩证法在自然界里的充分体现，认为“生命是整个对立面的结合”。它把外在东西变为内在东西，把内在东西变为外在东西；它既以它自身为自己的目的，又以它自身为自己的手段；它既使它自身成为主体，又使它自身成为自己的客体，并从这种客体回归到自身；因此，在生命这种圆满的总体里，作为结果的东西也是作为原因的东西。生命把内在东西和外在东西、目的和手段、主观东西和客观东西、结果和原因都统一到了自身，所以，“生命只能思辨地加以理解，因为生命中存在的正是思辨的东西”。根据其“三段式”，黑格尔把生命有机体划分为作为普遍主体性的地质有机体、作为特殊主体性的植物有机体和作为个别主体性的动物有机体。

 按照当时占统治地位的生物学地质观，黑格尔首先把地质有机体看作生命过程的尸骸或自我异化了的生命。他把地壳的变化过程同生命的演进过程结合起来．认为“地球曾经有一段历史，即它的性状是连续变化的结果挣”；“这些性状表示一系列巨大变革，这些变革属于遥远的过去”；“地球在其表面显示出它自身承负着过去的植物界和动物界，这两者现在都埋没在地下”。按照自然界发展的逻辑次序，黑格尔把地质有机体看作生命过程的基地或生命的无机界。他把地质有机体同化学过程联系起来，认为地质有机体是绝对普遍的化学过程，会孕育出生命力来，不过化学的东西在这里丧失了自己的绝对意义，只是作为环节而继续存在。黑格尔认为，最初的生命是在地球上直接发生的。“生命的这个晶体，即地球这个僵死的有机体，在自身之外的星球联系中有它的概念”，在自身之内，“这个晶体是（地球表面）气象过程的直接主体，通过气象过程，这个主体作为生命的自在存在着的总体就不再仅仅被孕育为个体形态，而是被孕育为生命力。这样陆地，特别是海洋，作为生命的实在性的可能性，就到处迸发出点状的和暂时的生命力”。“普遍的、对于自己外在的有机体和这种仅仅点状的、暂时的主体性间的这种分离，凭借其概念的自在地存在着的同一性，会把自己扬弃为这一同一性的实存，扬弃为活的有机体，达到在其自身使自己有机区分的主体性。

在黑格尔看来，植物有机体是正在开始的、比较真纯的生命力。植物作为主体已经使自己成为自己的他物，在与他物的相互关系中保持自己；植物作为主体已经展现出自己的各个部分，使它们形成一个整体。因此，黑格尔正确地指出，“正如所有知性范畴整个来说在生命范围内不再成立一样，因果关系在这里也失效了。如果说这些范畴终究还可以使用，那也必须把它们的本性颠倒过来，这样我们就可以说，有生命的东西是它自身的原因”。但是，植物作为主体常常被牵引到自身之外，竭力追求阳光，还不能返回自身，真正自己保持自己；它的各个部分同样是一些个体，往往可以单独生殖，还没有形成真正的有机系统。因此，黑格尔说，“植物的纯洁无邪就是使自身同无机东西相关这种无力状态，在这里它的各部分同时都成了其他个体”。他特别考察了植物的新陈代谢，指出植物涉及的外在自然是光、气和水等元素，而不是个体化的东西。这就是说，植物的新陈代谢是自养型的，反之，动物的新陈代谢则是异养型的。因此，“植物是一种从属性的有机体”，而动物有机体是自为存在的、臻于完善的生命力。动物作为主体是在他在中维持自己，把自己的各个部分组成一种真正的有机系统。“动物的各个有机部分纯粹是一种形式的各个环节，它们时刻都在否定自己的独立性，最后又回到统一中去”。黑格尔批判了机械论的生命观，强调动物这种有机整体是不能机械地加以分解的：“砍掉一个指头，它就不再是指头，而会在化学过程中逐渐瓦解”。

    黑格尔提出了一种生物进化论思想。他认为，一切动物都以一种作为普遍原型的绝对精神为其共同来源，动物发展的阶梯是这种普遍原型自我运动的外化表现，而人是这一发展过程的最高阶段，因此，这种最高级的有机体就是普遍原型的最完善的表现。在这个发展过程中，高级动物不仅具有其本身的属性，而且还具有低级动物的属性。高级动物在它的个体发育过程中仿佛重复着低级动物所经历的过程。黑格尔并不把动物看作一种绝对稳定的有机系统，而是认为它本身就包含着疾病与死亡的内在可能性。他认为，“健康就是有机体的自我与其特定存在的平衡”，“就在于有机东西同无机东西有平衡的关系，以致对有机体来说并没有自己无法克服的无机东西存在”；反之，疾病则“在于有机体的存在与有机体的自我不平衡”。他把有机体的自我解释为精神的普遍性，把有机体的存在解释为物质的个别性，认为这两者在动物中总是处于不符合的状态。“有机体虽然可以从疾病中恢复健康，但因为有机体生来就是有病的，所以在其中隐藏着死亡的必热性，也就是隐藏着解体的必然性”。他深刻地揭示了生存与死亡的辩证关系，指出“生命的活动就在于加速生命的死亡”。

    这样，黑格尔就在他的《自然哲学》的结尾宣布：理念突破了自然的个别性与理念的普遍性的不符合状态，从自然过渡到了精神。