黑格尔在他的《自然哲学》第二篇“物理学”中考察的，是表现为必然性纽带的隐蔽概念，是在差别和对立中相互反映的个体性。他把个体性划分为普遍个体性、特殊个体性和总体个体性。借用现代科学的术语，普遍个体性考察的是有形物体的基本单元及其外在规定性，包括三个环节：a）自由的物理基元，它们是直接的、彼此相外的独立存在，b）这些基元的物理性状，它们维系在基元个体性的同一性之内，具有自己的持存，但只能作为非独立的环节与基元总体性的个体统一性相关联，c）形成这些基元及其不同又统一的性状的辩证过程。特殊个体性考察的是基元或部分在形成有形物质过程中展现的运动的形式，包括四个环节：a）有形物质的各部分的单纯量的关系，b）各部分的协合关系，c）物体在其自身内的时空波动，以及d）对各部分协合关系的否定。总体个体性考察的是有形物质具体的特性及形成过程，包括三个环节：a）包含在普遍东西中的个体性；b）规定自身为差别的个体性；c）从这种差别回到自身的个体性，即化学过程。

由于经验知识的缺乏，黑格尔的物理学包含着许多唯心主义的臆造和谬误，但也提出不少精辟见解。例如，黑格尔认为光的传播是连续性与间断性的统一。他说，“光是作为物质、作为发光的物体，而与另一个物体发生关系的，因此就存在着一种分离，这种分离在任何情况下都是光的连续性的一种间断。这种分离的扬弃过程就是运动，于是时间也就与这样的间断东西发生了关系”。他批评了间断的光线观念和连续的光波观念，说这种“认为光按照直线传播的牛顿理论或认为光按照波状传播的波动理论，象欧勒的以太或声响的震荡一样，都是一些物质观念，它们对于认识光毫无裨益”。这种对于光的传播的猜想，显然类似于百年以后物理学家所提出的光的波粒二象性概念。又如，黑格尔认为“光在自身之外有不同的东西，这就是无光的东西”；“光只有通过自己的这种界限，才把自己显现出来”；“光本身是不可见的；在纯粹的光里就象在纯粹的暗里一样，我们什么东西也看不到；纯粹的光是黑暗的，就象漆黑的夜色一样”。恩格斯在《自然辩证法》里对这一见解曾经给予高度的评价。

在关于化学过程的本质和地位的分析里，黑格尔肯定了作为总体的化学过程的一般本性是双重活动，即把统一体分离开的活动和把分离的东西还原为统一体的活动”。他认为，“化学过程是磁和电的统一，磁和电则是这个总体的抽象的，形式的方面”，“仅仅以化学过程为载体”。根据1819年奥斯特发现的电流的磁效应，黑格尔指出磁和电的相互转化关系，断言在化学过程里“这些环节是相互关联和同时并存的”。他批评了那种认为磁、电和化学作用绝对分离或完全等同的观点，说“磁、电和化学作用以前被认为是完全分离的，彼此毫无联系，每一个都被视为一种独立的力量。哲学已经把握了它们的同一性的观念，但是也明确地保留着它们的差别；物理学最近的表象方式看来又跳到了另一个极端，只认为这些现象有同一性，因此观在确实有必要坚持它们同时相互区别的事实和方式”。黑格尔把化学过程比作从自然界的散文到自然界的诗词的过渡，说在这两者之间并没有什么不可逾越的界限。他认为，个体性物体是有限的物体，因而理所当然地不能持久；化学过程表现的辩证法把一切物体的属性都弄成了非永久性的，而唯独自为存在的形式是持久的。因此，“化学过程是无机自然界所能达到的顶峰；无机自然界在化学过程里自己毁灭了自己，证明唯有无限的形式才是自己的真理。这样，化学过程就通过形态的衰落而成为向有机界这个更高的领域的过渡”。