zhangzuocug的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/zhangzuocug

博文

自然科学专用软件工具

已有 8444 次阅读 2012-8-7 10:58 |系统分类:科研笔记| 软件工具, border, 自然科学, 160

ADF

化学家通用密度泛函程序

ADMEWORKS Predictor

药代动力学预测系统

ADMEWORKS ModelBuilder

富士通公司定量/定性构效关系分析、对产生的预测模型进行多种统计学分析、数据分析的多元/模式识别等工具

AIM2000

显示分子中原子属性的图形界面软件

AKS2

Bioalma公司使用最先进的文字挖掘技术直接从科技文献中提取信息的生物学知识系统

Align

综合性手动序列比对编辑器

AlleleID

专业的生物检测软件

almaZen System

Bioalma公司集中的软件解决方案

Amber

程序套件集合的名称,用于分子(特别是生物大分子)的动力学模拟

AMPAC

半经验量子力学程序,计算速度快。包含图形用户界面/具有全面描述符的定量构效关系(QSAR)和定量构性关系(QSPR)程序

Array Designer

批量设计DNA和寡核苷酸引物工具

ATK

对纳米和分子器件进行原子尺度的模拟,分析器件在外加偏压下的电子输运情况

Autosignal

尖端信号分析软件

B

BARISTA

多种分析功能支持平台

Beacon Designer

实时荧光定量PCR分子信标(Molecular beacon )TaqMan探针设计软件

BiblioSphere PathwayEdition

高级生物途径/基因组分析工具

BioPredicta

同源模建,活性位点分析,蛋白-配体对接蛋白-配体对接特点

C

CAMO

多元变量统计领域的软件先驱

CARAT-MB

多个化学领域的反应速率计算和反应机理研究工具

CCD

联合化学词典

Cell Illustrator

富士通公司用于绘制、模建、阐明以及模拟复杂的生物过程和生物系统的工具

CHARMM

应用广泛的分子动力学模拟程序

ChemAXon

是一款致力于化学信息学、生物技术等方面的大型软件。

ChemDBS

化合物数据库的管理与搜索

ChemSW

世界上最大的MSDS数据库

Chemical WorkBench

模拟、设计和优化化学反应过程和反应器的热力学与动力学的软件

ChemOffice

剑桥公司世界上应用最广的化学办公软件

ChemWatch

ChemWatch化学品安全管理软件包

ChemWatch MSDS Database

是世界上最大的独立的、可获得的MSDSs的数据库

Chromas

可打开ABI格式序列文件

ChromasPro

可打开ABI格式序列文件

CISPro-ChemSW

化学数据维护和MSDS的管理软件

CLC Academy

生物信息学解决方案的实践教学vs综合的理论教学

CLC Bioinformatics Cell

快速运算插件

CLC Bioinformatics Database

这是一款迅捷有效的在客户机-服务器结构中共享数据的平台

CLC Combined Workbench

一款功能强大的、综合性分析DNARNA、蛋白质的工作平台

CLC DNA Workbench

专门用于DNA序列分析的工作平台

CLC Educational Package

完整的生物信息学教学软件包

CLC Protein Workbench

专门用于蛋白质序列分析的工作平台

CLC RNA Workbench

专门用于RNA序列分析、二级结构预测的工作平台

CODESSA

材料、生物分子的QSAR研究

CodonCode Aligner

DNA测序trace图编辑、突变分析、contig编辑、序列拼接软件。

CONFLEX

快速准确的构象搜索和分析

CRYSTAL

研究晶态固体的最流行程序之一;密度泛函,周期体系

Crystal T.B

一个包含关于蛋白质结晶环境信息的数据库

CrystalMaker

创建、显示和操作各种晶体和分子结构

CRYSTMET

无机材料数据库,包含化学、晶体图解和文献目录数据以及与每个研究项目有关的实验细节的相关内容

CSD

剑桥晶体结构数据库

Culgi

化学统一语言接口

Cyana 2.1

(含DYANA)利用核磁光谱自动化获得蛋白质等生物大分子的三维结构

D

DELPHI

强大通用的Poisson-Boltzmann静电模拟工具

Delta2D

简捷易用的蛋白质二维凝胶电泳分析软件

De Novo

它能够进行基于受体和基于配体的全面的从头药物设计。

Desktop Molecular Modeller

是一个简单易用的3维分子模型显示、编辑与构建程序。

DGauss

快速的高性能密度泛函程序

Diamond

是一款杰出的分子和晶体结构显示软件

Divcon

线性标度量子力学软件

DNASIS

DNASIS是一款用的DNA/RNA和蛋白质分析软件包。

DNP

天然产物数据库

E

EIDorado

基因组注释工具

EMBED

研究晶体中局部缺陷

Engine

MDS运行的基础平台用于分子构像生成,能量优化,分子模拟等方面的研究。

EnviroInsite

是一个地下水数据模拟的应用程序,

F

,

F

一个采用热化学应用模块进行计算的综合热力学的数据库系统

Fact数据库

包含大约4300多个化学计量比的纯物质和许多浓缩的非理想溶液态的数据库

FCSExpress

流式细胞仪数据分析软件

FPLO

对包含一百个过渡金属原子的晶胞进行高精度的完全势计算

FlexX

一套非常全面的药物设计软件包

FlexS

分子叠合软件

G

GaBi4

辅助电子业进行生命周期评估(LCA)分析之工具

GAMESS-UK

从头计算量子化学程序

GelQuest

DNA指纹图谱分析

GEMS Launcher

转录调控分析软件

Gene Construction Kit

管理并显示克隆策略中的分子构建过程,包括分子构建,电泳条带。另外,还可以质粒作图(有序列没序列均可)。

Gene Inspector

序列分析软件包及电子手帐

Gene2Promotor

启动子查找及分析软件

GenomatixSuite PE

GenomatixSuite BiblioSphere PathwayEdition组合软件包

GenomatixSuite

基因组注释、分析软件包,转录因子结合位点搜索引擎及数据库

GhostMiner

来自于富士通公司的高级数据管理工具

GOLD

基于遗传算法的柔性分子对接程序

GoVASP

专门为VASP设计的图形界面

GPMAW

蛋白质质谱与序列分析软件

GraphPad Instat

统计结果分析软件

GraphPad Prism

生物统计、曲线拟合、科学做图的强大工具

GraphPad StatMate

样本大小及精确度预测

GROMOS

分子体系动力学模拟

GWB

一款专业的致力于地球化学研究的软件

H

HSC Chemistry

世界上使用最广泛的热化学计算应用软件

Hyperchem

优秀的教学软件,优秀的分子模拟软件

HyperProtein

 

Hyperquad

pH 值和吸光率计算平衡常数

I

IconoClust

专用微阵列图像分析软件。

ICSD

世界上最大的无机晶体结构数据库

IDeA

模拟脉冲爆震发动机

J

JCE software

JCE Software以多种形式提供教育材料。可有CD版、VCD版、录影带版和激光影碟版。

Jcrystal,

晶体模型显示和分析

K

KINTECH Khimera

原子模拟工具,研究和分析化学过程

L

LabImage 1D

单向电泳分析软件

LeadGrow

组合库的生成与筛选

Local SCF

超大蛋白质体系的量子力学模拟

LogPlot

一款广泛的应用于环境、地球物理学、矿业等研究领域的分析软件

M

MatBase

转录因子数据库

Match!

是一个易用的软件,从粉末衍射数据中鉴定相位,这是几乎材料科学家每天的工作

Materials Explorer

强大的多功能分子动力学软件系统

Mathematica

一款数学分析型的软件

MatInspector

转录因子结合位点搜索

MedeA

高效的材料设计平台

Melanie

居于领导地位的蛋白质二维凝胶电泳分析软件

MFLine Database

近五年的经验药物数据库

Mini-SCDatabase

包含所有重要金属/质子-配基对的选择值的数据库。

Model Chemlab

一系列专为高中及大学设计的实验模拟

Molecular Conceptor

一款药物化学和药物设计课程软件

Mol2Mol

主要用来进行各种分子文件的转换,支持30种主要分子格式,也可以用来进行3维分子的简单显示。

MOLCAS

使用各种量子化学模型研究分子体系性质的软件

Molcode Toolboxed

强大的预测系统

MOLPRO

国际上广泛使用的专业级电子结构量化计算软件

MolSign

药效团识别与搜索

Molucad

分子建模与显示工具

MOPAC

世界上使用最广泛的半经验量化程序

MTDATA

世界最先进的热化学模建软件包

MutaPrimer

用于定点突变的引物设计桌面工具

MVD

精确的分子对接软件

N

NBO

专业的自然键轨道分析程序

NetPrimer

把最新的引物设计算法和基于网页的界面结合起来允许用户通过网络进行引物分析

O

OLIGOMaster,

多用户寡核苷酸管理软件,可建立寡核苷酸数据库

OptiCount

浮游动植物、细菌、血细胞自动计数工具

Orbdraw

3D分子轨道、电子密度、自旋密度等的显示工具

Orient

针对相互作用分子的集合进行不同种类计算

P

Pallas

是一款专业致力于化合物ADME/Tox预测的工具。

PARTISAN arrayLIMS

芯片相关任务管理

Pathway Studio

代谢途径分析和显示软件

Peakfit

最佳自动分离、拟合与分析非线性数据软件

Personal GenBank

综合性GenBank信息管理工具

PHONON

晶体,声子谱计算

PQS

并行量化计算软件

Primer Premier

Premier公司综合的引物设计工具

PrimerPlex

高通量SNP基因注释及分析用寡核苷酸设计工具

Progenesis

一款快速的、目的性强的蛋白质组学统计工具

Protein Networker

图形化蛋白质相互作用

ProViz

分子表面属性可视化

Q

Q-chem

电子结构从头计算程序,可以对分子的基态和激发态进行第一性原理计算,密度泛函

QSARPlus

基于二维和三维属性的定量构效关系与活性预测,全面的回归分析和预测工具。除了能进行传统的线性拟合外,它还可以进行非线性拟合。

QuantiScan

使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件

R

RiverTools

一个专业的地形和河流网系提取及分析软件

RobotAssist

机器人建模和控制软件包

SC-Database

极其快速的获得重要的已发表的金属-配体的稳定常数

Scigress

ADFMECACheMOPACLocalSCF分子设计模拟软件包

SeqAssem

查看、编辑、校对、组装DNA序列

Sequencher

序列拼接软件,还具有ORF分析、蛋白翻译、酶切位点作图、杂合子识别等分析功能。

SGTE数据库

专业的大量纯物质和液态物质的热化学数据库

SigmaScan

强大的分析工具,能够快速转换图形为数据。

SigmaPlot

用于生成二维、三维图象的工具。

SigmaStat

易于使用的智能统计软件

Simapro

LCA生命周期体系专业评估软件

SimGlycan

从质谱分析中获得的数据预测多糖结构的工具

SIMION

静电透镜分析

SimuSage-GTT-Technologies

一个应用于热化学领域的过程模拟专用软件

SimVector

自动生成发表质量的载体图谱帮助克隆实验设计分析的工具

SL Toolkit

SIMION 增加的软件包

SPARTAN

强大的分子力学和量子力学计算程序

SPRESI

世界上最大的包含文献、有机分子结构以及化学反应的有机数据库之一

STATISTICA

通用数据分析统计应用程序

SYSTAT12

一款强大数据分析软件。

T

TableCurve2D

曲线拟合及背景消除工具。

TableCurve3D

能够快速有效的处理复杂数据。

Thermo-Calc databases

热学和扩散学数据库

TMA Foresight

功能强大的组织芯片数据分析工具

TreeMe

进化树生成和显示软件

U

USPEX

新材料与矿物相的晶体结构演化预测软件

V

 

 

VLifeMDS

一款功能全面的计算机辅助药物设计软件包,涵盖了分子对接、QSAR、组合化学库、药效团、同源模建以及数据库搜索等功能。

Visual Cloning

绘制精确质粒图谱,序列比对,引物设

W

Ward System Group

利用高级的神经网络和遗传算法进行广泛运算

Wien2k

用密度泛函理论计算固体的电子结构

X

XD4.1

从衍射数据分析电荷密度

Xpression Primer

实时定量PCR引物和探针设计的专用软件

Y

 

 

Z

 

 



https://blog.sciencenet.cn/blog-439966-599797.html

上一篇:《如果》——拉迪亚德.吉卜林 //译文 芮成钢
下一篇:《静观英伦》柴静采访剑桥大学校长片中所谈到的话
收藏 IP: 122.82.74.*| 热度|

1 吉宗威

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-5-26 20:47

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部