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选择SNP分型服务,可根据实验规模决定。PCR-LDR技术适用于中低通量检测,能精准满足小规模实验需求;基于二代测序的Hi-SNP技术则适合高通量检测,为大规模实验提供高效方案。
1. Hi-SNP分型服务技术路线:
2. 分型流程
a. 位点评估:确认物种,版本,基因或序列信息,对SNP位点的同源性,(高同源不适合该方法检测SNP,本公司有针对该状况的特色服务),GC含量(含量过高可能导致检测失败)等进行评估,确定可行性。
b. 样本质控:电泳及浓度综合质控,不合格的样本反馈给客户。单管操作,样本消耗量少,100ng样本就能做几十上百个SNP。
c. 引物设计合成:根据扩增子设计并合成引物。
d. 扩增阶段:调整各对引物的体积及反应条件,使得每对引物的扩增效率相当,同时扩增多个目标DNA片段。
e. 样本建库:根据扩增产物进行建库,加测序接头,用不同barcode来区分,为测序做准备。
f. 测序及数据分析:在illumina novaseq pe150 平台上,对扩增子进行高通量测序,然后对测序结果进行分析,出率不足的(95%以上)要补数据。完成实验报告。
3. 翼和特色
● 自主知识产权的多重PCR为基础,技术先进,结果准确 |
● 通量高,SNP位点30-500个之间,数百数千样本推荐使用 |
● 平均测序深度1000倍,每个SNP位点测序深度至少几百倍 |
● 适用性广,适用于任何多态性位点 |
● 对SNP位点以及周围序列进行测序,更准确,更灵敏 |
● 测序质量Q30>90% |
● 检出率95%以上 |
● 准确率>98% |
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GMT+8, 2025-12-5 22:08
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