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自己翻译的Gromacs教程（Protein-Ligand动力学模拟-1）
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Gromacs蛋白-配体动力学模拟教程：
原文：http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/complex/index.html
设定环境变量：export gmx=/usr/local/gromacs/bin
（一）建立一个工作文件夹并进入
mkdir /home/mengfan/gromacs_complex_tutorial
cd /home/mengfan/gromacs_complex_tutorial
（二）下载教程中已经过处理的复合物文件3HTB_clean.pdb（只包含蛋白和配体），保存入工作文件夹
（三）模拟前的准备
1. 将配体从复合物中脱离出来
grep JZ4 3HTB_clean.pdb > JZ4.pdb
** 此时将在工作文件夹下产生一个配体的pdb文件：JZ4.pdb
2.准备蛋白文件：
2.1 用记事本打开3HTB_clean.pdb，手动删除配体行.
2.2 对蛋白pdb文件进行转化：
$gmx/pdb2gmx -f 3HTB_clean.pdb -o 3HTB_processed.gro -water spc
** 指定生成3HTB_processed.gro及两个默认的topol.top，posre.itp文件
** -water 命令规定添加水盒子：none，spc，spce，tip3p，tip4p，tip5p
2.3 选择力场GROMOS96 43A1 force field
3. 准备配体文件：
3.1 在线生成相关文件：
由于gromacs中不带有针对小分子的力场，因此需借助外部程序生成配体相关文件
PRODRG在线转化程序：http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg
将JZ4.pdb内全部内容粘帖到PRODRG中，设定：
Chirality (yes/no): 保留手性 (yes), 不保留 (no).本例中的配体本身无手性，因此选择缺省设置。
Charges (full/reduced): 在溶剂环境中的模拟选择 full charges (43A1 force field); 真空环境中的模拟选择 reduced (43B1 force field).通常都选择full.
EM (yes/no): 进行能量最小化 (yes), 不进行能量最小化 (no). 本例中，我们我们希望保留复合物原子位置，因此选择no.
运行程序。
在生成的文件列表中找到：
（1）GROMOS87/GROMACS coordinate file (polar/aromatic hydrogens)，下载保存为jz4.gro
（2）The GROMACS topology，下载保存为drg.itp
3.2 对在线生成的文件进行修改
打开drg.itp，如下所示：
[ atoms ]
; nr type resnr resid atom cgnr charge mass
1 CH3 1 JZ4 C4 1 0.000 15.0350
2 CH2 1 JZ4 C14 2 0.059 14.0270
3 CH2 1 JZ4 C13 2 0.060 14.0270
4 C 1 JZ4 C12 2 -0.041 12.0110
5 CR1 1 JZ4 C11 2 -0.026 12.0110
6 HC 1 JZ4 H11 2 0.006 1.0080
7 CR1 1 JZ4 C7 2 -0.026 12.0110
8 HC 1 JZ4 H7 2 0.006 1.0080
9 CR1 1 JZ4 C8 2 -0.026 12.0110
10 HC 1 JZ4 H8 2 0.007 1.0080
11 CR1 1 JZ4 C9 2 -0.026 12.0110
12 HC 1 JZ4 H9 2 0.007 1.0080
13 C 1 JZ4 C10 3 0.137 12.0110
14 OA 1 JZ4 OAB 3 -0.172 15.9994
15 H 1 JZ4 HAB 3 0.035 1.0080
****发现的问题：（1）苯环原子全部被分在第2组；（2）对于相同的原子类型，其所带电荷不等，比如8号的H带0.006个电荷，而12号的H带0.007个电荷；（3）不太明白什么意思。对drg.itp人为修改：
[ atoms ]
; nr type resnr resid atom cgnr charge mass
1 CH3 1 JZ4 C4 1 0.000 15.0350
2 CH2 1 JZ4 C14 2 0.000 14.0270
3 CH2 1 JZ4 C13 2 0.000 14.0270
4 C 1 JZ4 C12 2 0.000 12.0110
5 CR1 1 JZ4 C11 3 -0.100 12.0110
6 HC 1 JZ4 H11 3 0.100 1.0080
7 CR1 1 JZ4 C7 4 -0.100 12.0110
8 HC 1 JZ4 H7 4 0.100 1.0080
9 CR1 1 JZ4 C8 5 -0.100 12.0110
10 HC 1 JZ4 H8 5 0.100 1.0080
11 CR1 1 JZ4 C9 6 -0.100 12.0110
12 HC 1 JZ4 H9 6 0.100 1.0080
13 C 1 JZ4 C10 7 0.150 12.0110
14 OA 1 JZ4 OAB 7 -0.548 15.9994
15 H 1 JZ4 HAB 7 0.398 1.0080
4. 建立蛋白-配体复合物的gro文件：
将jz4.gro中各原子坐标粘帖到3HTB_processed.gro中（蓝色部分），另存为complex.gro
粘帖形式如下，并在第二行中修改总原子数1693为1708。
163ASN C 1691 0.621 -0.740 -0.126
163ASN O1 1692 0.624 -0.616 -0.140
163ASN O2 1693 0.683 -0.703 -0.011
1JZ4 C4 1 2.429 -2.412 -0.007
1JZ4 C14 2 2.392 -2.470 -0.139
1JZ4 C13 3 2.246 -2.441 -0.181
1JZ4 C12 4 2.229 -2.519 -0.308
1JZ4 C11 5 2.169 -2.646 -0.295
1JZ4 H11 6 2.135 -2.683 -0.199
1JZ4 C7 7 2.155 -2.721 -0.411
1JZ4 H7 8 2.104 -2.817 -0.407
1JZ4 C8 9 2.207 -2.675 -0.533
1JZ4 H8 10 2.199 -2.738 -0.621
1JZ4 C9 11 2.267 -2.551 -0.545
1JZ4 H9 12 2.306 -2.516 -0.640
1JZ4 C10 13 2.277 -2.473 -0.430
1JZ4 OAB 14 2.341 -2.354 -0.434
1JZ4 HAB 15 2.369 -2.334 -0.528
5.99500 5.19182 9.66100 0.00000 0.00000 -2.99750 0.00000 0.00000 0.00000
5. 建立蛋白-配体复合物的top文件
打开topol.top，添加配体信息（蓝色部分）：
; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif
; Include water topology
#include "gromos43a1.ff/spc.itp"
becomes...
; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif
; Include ligand topology
#include "drg.itp"
; Include water topology
#include "gromos43a1.ff/spc.itp"
[ molecules ]
; Compound #mols
Protein_chain_A 1
JZ4 1
https://blog.sciencenet.cn/blog-275626-861648.html
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