前两天一学生问怎么找含有某一个结构域的所有蛋白的序列，我原本以为这是简单得不用教的，不过想想，对于初入门的人，没接触过的就是难，尤其不是专门做bioinfo的，所以还是写写，也好方便后来的人可以查看。

这里以SH3 domain为例做个说明：

首先登陆 SMART的网站， http://smart.embl-heidelberg.de/

点击上图左下的“Normal mode”的搜索，进入新页面,找到 “Domains detected by SMART”一栏，在里面输入 SH3，然后search：

跳转到结果页面：

注意页面里的这行：

点解深蓝色的“56434”这个数字，能打开新的页面，

在Action选择“download protein sequences as a FASTA file”，然后下载就可以了。

SMART的数据更新得比较快，结果较全。pfam也是可以搜的，新不新还没比较过。

还有一些复杂的方法，例如可以利用position-specific scoring matrix (PSSM)去搜索数据库，在这里就不展开了。