科学网

 找回密码
  注册
微生信神助力:在线绘制发表级主成分分析(PCA)图
陈明杰 2022-5-26 14:42
主成分分析( Principal components analysis , PCA ) 是一种线性降维方法。它 利用正交变换对一系列可能相关的变量的观测值进行线性变换,从而投影为一系列线性不相关变量的值,这些不相关变量称为主成分( Principal Components )。 PCA 是一种对数据进行简化分析的技术,这种方法可以有效 地 找出数据中 ...
2217 次阅读|没有评论
左手微生信,右手inkscape,神器在手,作图无忧!
陈明杰 2022-5-23 10:36
本站一直以来的观点都是: 任何在线工具都不能满足你的定制需求 ,要满足:1,自己编程一行一行写;2,草图+ink scape 调整。 例如:有朋友问下面这张B P ,C C,MF 的图能不能做成B P 、CC、pathway?能不能做成两组的? 答复:为什么不能呢?你把 pathway的数据贴过去,然后把pathwa ...
1711 次阅读|没有评论
饼图审美疲劳?来试试扇形图(彩虹图)吧!
陈明杰 2022-5-19 16:05
常规的饼图、柱状图是不是看着审美疲劳了?来试试扇形图吧! 什么是扇形图? 形如扇子,故名,有人又称之为彩虹图( 0 度到 180 )。使用扇形展示各部分所占的百分比,是饼图(扇面宽度 1 ,角度 0-360 ),甜甜圈图(角度 0-360 )等的自由板式,即:也可以用来绘制饼图和甜甜圈 ...
2094 次阅读|没有评论
免费在线绘制CircRNA吸附miRNA圈图
陈明杰 2022-5-17 09:50
什么是环状R NA ? 环状 R NA ( ci rcular RNA , circRNA)是一类没有 5’帽子和3'poly (A) 尾巴的环状闭合 非编码 RNA分子。 如上图所示,基因组上的外显子 1,2,3,4,5,6可以转录形成线性R NA 分子,例如右侧中间的线性 R NA 分子由 1,2,3,4,5 ...
2606 次阅读|没有评论
Affymetrix SNP6.0芯片分析
陈明杰 2022-5-16 11:18
Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0是唯一可以真正将CNP(拷贝数多态性)转化成高分辨率的参考图谱的平台。主要应用领域包括全基因组SNP分型、全基因组CNV分型、全基因组关联分析、全基因组连锁分析。除了进行基因分型外,还为拷贝数研究和LOH研究提供帮助,从而能够进行:UPD检测、 亲子鉴定 、异常的亲代起源 ...
2949 次阅读|没有评论
桑吉气泡图 -- KEGG富集气泡图升级版,5维展示富集结果
陈明杰 2022-5-15 10:13
K egg通路或者G O 本体论富集分析是基因功能注释最常见的分析,结果可以以多种形式展示,最常用的包括:条形图/bar图,气泡图/ dot 图等,其中气泡图输入数据一般包括以下4个维度的信息: 名字,富集倍数(或者 gene ratio ), P值,基因count。 例如: pathway enrichment ...
5892 次阅读|没有评论
零代码在线绘制GO富集结果GOcircle图
陈明杰 2022-5-14 09:10
什么是基因本体论( G O )? 基因本体论( Gene Ontology , GO , http://www.geneontology.org/ )是国际基因功能分类系统,旨在建立一套随着研究动态更新的可控词汇表来限定和描述各个物种的基因和蛋白质功能。该数据库将收录的基因本体按照术语描述的内容不同,将所有基因本体分为三大类:生物过 ...
2539 次阅读|没有评论
[转载]权威综述:RNA m6A 与癌症
陈明杰 2022-5-13 09:43
近年来 m6A 修饰是表观转录修饰中的研究热点,围绕 Writer 、 Eraser 、 Reader 展开了多项研究,整个动态可逆过程影响了被修饰分子的翻译、剪切、转运和加工。疾病方面, m6A 调控异常可直接 影响 肿瘤发生进展,多项工作已经证明了 m6A 修饰在肿瘤学中的重要作用和分子机制。癌症是研究 m6A 的主要生物学领域,在 ...
2632 次阅读|没有评论
[转载]RNA m6A修饰工具大全
陈明杰 2022-5-11 16:07
两期公众号已经系统介绍了 RNA m6A 的发生、调控、序列、区域和功能方面的特征,给读者的感觉是, RNA m6A 已有的特征鲜明,在序列、调控过程已经形成了一定的共识,包括 motif DRACH 、明显富集于终止密码子区,对 RNA 的稳定性和翻译效率有明确的影响 ;但是 RNA m6A 的功能是多变的, ...
2424 次阅读|没有评论
[转载]RNA m6A修饰问题汇总(第二期)
陈明杰 2022-5-10 10:50
上期推出了第一期 m6A 修饰的相关问题汇总,解答了有关 m6A 修饰的一些入门级问题,本期继续推出相关问题汇总,深入探讨 m6A 机制研究的难点与挑战。 m6A 的研究故事怎么讲?之前的研究思路在自己所关注的疾病过程中是否适用?一直在讨论稳定性、翻译效率、降解等关键词,但 m6A 这些作用是普适性的 ...
2409 次阅读|没有评论

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-9-24 13:53

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部