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桑吉气泡图 -- KEGG富集气泡图升级版,5维展示富集结果

已有 648 次阅读 2022-5-15 10:13 |系统分类:科研笔记

Kegg通路或者GO本体论富集分析是基因功能注释最常见的分析,结果可以以多种形式展示,最常用的包括:条形图/bar图,气泡图/dot图等,其中气泡图输入数据一般包括以下4个维度的信息:

名字,富集倍数(或者gene ratio),P值,基因count。

例如:

pathway

enrichment

pvalue

count

RNA transport

4.807258641

1.56E-05

15

Epstein-Barr virus infection

4.569261748

2.70E-05

16

HTLV-I infection

3.814616521

0.000153244

17

Tuberculosis

3.454180941

0.000351414

13

MAPK signaling pathway

3.378131581

0.000418667

16

Neurotrophin signaling pathway

3.212102971

0.000613617

10

Long-term potentiation

3.000035266

0.000999919

7

Dopaminergic synapse

2.967026455

0.001078881

10

Endocytosis

2.841316731

0.001441064

15

Herpes simplex infection

2.775219173

0.001677957

12

                     4维分析结果

做出来的例图如下(微生信平台免费在线做气泡图

图片1.png

富集气泡图


该图包含的4维信息有:

1, Y轴的通路名(pathway,结果表格的第一列)

2, X轴的富集倍数(enrichment,结果表格的第二列)

3, 点的颜色(P值,结果表格的第三列)

4, 点的大小(count,该通路中包含的基因与输入基因列表交集的基因数)。

其中基因的信息就丢失了,那么我们能否将基因的信息也加入到图中呢?答案是肯定的!

让我们先来看看5维的分析结果,以clusterProfiler结果为例:

 

Description

GeneRatio

pvalue

geneID

Count

Circadian rhythm

0.014085

0.010497623

RORA/RORB

2

NOD-like receptor signaling pathway

0.028169

0.03303255

CASP8/TRIP6/MAPK8/CASP1

4

PPAR signaling pathway

0.028169

0.008761306

CD36/AQP7/LPL/CYP4A11

4

Viral myocarditis

0.028169

0.009484362

CASP8/MYH7/SGCB/SGCD

4

Hypertrophic cardiomyopathy (HCM)

0.042254

0.014532337

MYH7/MYL2/MYL3/SGCB/SGCD/SLC8A1

6

Dilated cardiomyopathy

0.042254

0.020924238

MYH7/MYL2/MYL3/SGCB/SGCD/SLC8A1

6

Osteoclast differentiation

0.049296

0.034284302

LILRB5/MAPK8/FHL2/FCGR1A/IFNGR2/FOS/LILRB3

7

Phagosome

0.049296

0.018180176

TUBA3D/THBS4/SFTPD/CD36/FCGR1A/TUBA3E/DYNC1I1

7

Huntington's disease

0.056338

0.001736229

TBPL1/CASP8/VDAC3/CREB5/PPID/CLTB/NDUFA12/GRIN2B

8

5维分析结果


根据这里的基因,我们可以在气泡图的基础上,添加一个基因维度,列出基因名字。若下图所示(瞬间眼前一亮有没有)

图片2.png

升级版的5维富集气泡图

该图左侧为基因,右侧为常规的气泡图。

包含的5维信息有:

1. Y轴的通路名(pathway,结果表格的第一列)

2. X轴的基因ratio(gene ratio结果表格的第二列)

3. 点的颜色(P值,结果表格的第三列)

4. 基因名字(结果表格的第四列,图中左侧的桑吉图,连线表示隶属关系)

5. 点的大小(count,结果表格的第五列)

 

秉承一贯简洁的作用,微生信平台支持直接输入数据,就可以做出来这张桑吉气泡图,尝鲜版,赶紧试试吧!

 

微生信平台桑吉气泡图

 

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