NCBI GEO王炸：GEO2R直接分析RNA-seq数据，几家欢喜几家愁？ 2023-07-15

GEO2R 是 NCBI GEO 团队针对上传到 GEO 的芯片数据开发的一款在线差异分析、可视化作图工具，是广大数据分析人员的福音。然而，一直以来 GEO2R 仅针对芯片数据 ...

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微生信云平台注册用户突破100000 2023-07-02

微生信平台后台显示注册用户已突破 100000 。些许欣喜，些许担当。   1 ，粘贴数据，一键出图 微生信云平台以 200 多款在线绘图、分析模 ...

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根据蛋白质序列，计算其分子量（molecular weight），在线工具，原理和python代码 2023-06-26

蛋白质分子量 蛋白质是由许多氨基酸残基通过肽键（一个氨基酸的 α- 羧基与另一个氨基酸的 α- 氨基脱水缩合形成的化学键）连接而成。蛋白质的分子 ...

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同样都是鸾尾花iris数据，为什么PCA图相反？ 2023-06-20

PCA 简介   主成分分析（ principle component analysis ）是一种线性降维方法。它利用正交变换对一系列可能相关的变量的观测值进行线性变 ...

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为什么上传GEO前需要校验fastq文件正确性，并使用md5值验证文件完整性？ 2023-03-05

GEO数据库 Gene Expression Omnibus （ GEO ）是美国 NCBI 开发的一个大型综合数据库，它存储了超过 500 万个样品的芯片 / 测序原始数据文件。 ...

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使用ChIPSeeker进行ChIP-seq， ATAC-seq，cut&tag等富集峰的基因组注释 2023-02-28

二代测序产生的数据类型 常规的下一代高通量测序（ next generation sequencing, NGS ）实验通常产生大量短片段 (reads) ，通常我们需要将这些 read ...

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如何判断bam文件是单端还是双端？ 2023-02-07

1，进入R，安装Rsamtools BiocManager::install(“Rsamtools”) 2，载入Rsamtools包         library(Rsamtools) 3，读取bam文 ...

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如何查找“铁代谢”相关的基因？ 2023-02-03

铁（ iron）是人体必需的微量元素，存在于所有细胞中。除红细胞生成外，铁还参与各种生理和病理过程，例如氧气运输和储存、线粒体功能和免疫系统（Crielaard ...

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