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棒棒糖图展示GO本体论富集分析结果
陈明杰 2024-7-14 20:01
导读: 棒棒糖图展示GO富集分析结果。每个GO术语用一根竖线表示,竖线的高度为-log10(p),表示统计显著性。圆圈中的数字表示注释到特定GO术语的差异表达基因的个数。圆圈的颜色表示GO的3个类别:BP,CC,MF。 GO本体论简介 基因本体论(Gene Ontology,简称GO)是一个旨在提供标准化的基因和基因产物特性描 ...
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冲积图(alluvial plot)展示竞争性内源RNA(ceRNA)网络
陈明杰 2024-7-12 20:18
导读: 用冲积图展示ceRNA网络可以更好地查看竞争和吸附关系,让静态的图,“流动”起来。 冲积图简介 Alluvial plot (冲积图)是一种流程图,最初设计用于展示网络结构随时间的变化。这种图表特别适用于展示数据中的分类如何从一个组别流向另一个组别,例如在分析不同子类型样本中的细胞如何在不同聚类中 ...
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2200+种SCI期刊论文配色方案,总有一款适合您
陈明杰 2024-7-12 16:06
导读: 期刊论文配色如同穿衣打扮,美颜相机。为了让您的论文更专业、更美观、更有吸引力(大白话:增加接受率),我们将ggsci、pypalettes等包中的颜色集去重、汇总,整理了一个可以在线查询2200+种配色的网页。不用学配色,照样做出高质量图片。 期刊论文配色 期刊论文的配色对于展示科研成果和提升 ...
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渐变树图(treemap)展示GO、KEGG富集结果
陈明杰 2024-7-9 10:33
富集分析简介 富集分析(Enrichment Analysis)是生物信息学研究中最常用的统计方法,主要应用于分析高通量实验(如基因芯片、RNA-Seq、蛋白质组学等)所获得的基因或蛋白质表达数据。其目的是发现在特定生物学条件下,哪些基因集或通路表现出显著的表达变化。通过这种方法,研究者可以初步分析基因可能参与的生物学 ...
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桑基气泡图 – 5个维度展示KEGG通路富集结果
陈明杰 2024-7-8 11:04
2022年发表在《Nature communication》上的文章Kir2.1-mediated membrane potential promotes nutrient acquisition and inflammation through regulation of nutrient transporters fig1i使用微生信平台绘制了一张图,我们将其命名为“桑基气泡图”。从此,桑基气泡图进入了大家的眼帘,被各个公众号、平台争相模仿。今 ...
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[转载]项目文章:中医药治疗为晚期胃癌患者带来新曙光
陈明杰 2024-6-24 11:39
胃癌作为一种常见且严重的恶性肿瘤,全球每年有数百万新发病例,尤其在中国,胃癌的发病率和死亡率均为恶性肿瘤中的第三位。胃癌的确切病因尚不完全明确,但研究表明,幽门螺杆菌感染、饮食习惯、遗传因素和环境因素等均与其发生有关。早期胃癌常无明显症状,或仅表现为消化不良、食欲不振等不特异性症状,因而容 ...
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复现CELL文章图片,在线绘制scRNA-seq多个cluster的差异火山图
陈明杰 2024-6-1 23:53
导读 火山图表示两组间的差异,而在 scRNA-seq 中,同时会有多个 cluster ( vs 其他 cluster )的差异。如果用常规火山图展示,可能需要绘制十几个图。有没有更高效的展示方法呢?今天给大家带来 CELL 文章“ A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Hea ...
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[转载]客户文章:转录组测序如何“画龙点睛”?
陈明杰 2024-5-21 10:53
生物信息学(生信)是一个结合生物学、计算机科学和统计学的跨学科领域,在讲述生命科学的故事中扮演了至关重要的角色。 如何利用生信深入探索和阐述生物学现象呢?具体来说,通过解析DNA序列,我们可以揭示基因的结构、功能以及进化;转录组数据分析则让我们能够探究在特定环境下,基因是如何被激活或抑制,以 ...
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批量将GOID转成GO term名并添加BP,CC,MF分类信息
陈明杰 2024-5-13 11:54
基因本体论(Gene Ontology,GO,https://www.geneontology.org)是一个广泛应用于生物信息学领域的知识库,它提供了一套标准化的词汇和分类体系,用于描述基因功能、细胞组分和生物过程。GO旨在统一科研人员对基因功能的理解,并提供一个共享的语言框架,以促进基因功能注释和数据分析的标准化。 GO 的核心概念是“ ...
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推荐4个可用的github国内镜像
陈明杰 2024-5-10 13:01
Github 是全球最大的代码托管云平台,超过 1 亿用户在平台上分享代码及数据,深受生物信息学软件开发者的喜爱,并且现在发表文章,若涉及到代码,编辑还要求我们把代码及数据存放在 github 上,以便检查数据的真实性和可重复性, github 堪称生物信息学代码界的“ GEO ”。 But,访问github经查卡壳,今 ...
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GMT+8, 2024-7-14 22:03

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