为什么上传GEO前需要校验fastq文件正确性，并使用md5值验证文件完整性？ 2023-03-05

GEO数据库 Gene Expression Omnibus （ GEO ）是美国 NCBI 开发的一个大型综合数据库，它存储了超过 500 万个样品的芯片 / 测序原始数据文件。 ...

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使用ChIPSeeker进行ChIP-seq， ATAC-seq，cut&tag等富集峰的基因组注释 2023-02-28

二代测序产生的数据类型 常规的下一代高通量测序（ next generation sequencing, NGS ）实验通常产生大量短片段 (reads) ，通常我们需要将这些 read ...

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如何判断bam文件是单端还是双端？ 2023-02-07

1，进入R，安装Rsamtools BiocManager::install(“Rsamtools”) 2，载入Rsamtools包         library(Rsamtools) 3，读取bam文 ...

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如何查找“铁代谢”相关的基因？ 2023-02-03

铁（ iron）是人体必需的微量元素，存在于所有细胞中。除红细胞生成外，铁还参与各种生理和病理过程，例如氧气运输和储存、线粒体功能和免疫系统（Crielaard ...

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将GO、Pathway富集结果整合在一张高颜值圆圈图上 2023-01-12

富集分析是生物医学论文中非常常见的一类分析，例如G O 富集分析，Pathway富集分析等。其结果一般包括以下几个要素：1，名字（G O term或者K EGG descri ...

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在线计算lncRNA-mRNA共表达相关系数，并使用cytoscape绘制共表达网络图 2022-12-27

长链非编码 R NA(L ong  noncoding RNA )是一类长度大于2 00 nt，不编码蛋白质的R NA 。 L ncRNA的功能多样，如图1所示，A：充当蛋白质和 ...

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免费在线绘制高颜值，带填充的连贯堆叠柱状图 2022-12-20

堆叠柱状图是我们日常工作中经常使用的一类图形。然而当分类较多时，堆叠柱状图看起来不是那么清晰，通过添加额外的连线，可以增加堆叠柱状图的颜值，给人一种 ...

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【CELL】compass利用单细胞转录组+流平衡分析预测细胞代谢状态，促进免疫细胞代谢研究 2022-12-14

细胞代谢调控正常细胞功能以及多种疾病状态的病理生理。最近，免疫细胞代谢研究（ immunometabolism ）成为一个研究热点，揭示了包括抗病毒免疫、自身免疫和 ...

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