对于生命科学领域的各位科学家来说, 美国昂飞公司(Affymetrix)的基因芯片（Genechip）技术并不陌生。其功能之强大， 实为生命科学研究技术的一大革命。但在多年的应用中， 也遇到一些问题。

我们都知道， 在分析数据之前，首先要确定网格的定位（grid alignment）是否准确，否则得到的基因的数据就不准确。但你知道如何确定网格的定位是否准确吗？“很简单吗，检查影像的四个角吗！”- 也许你会这么说。真是这么简单吗？

这是一小鼠 430 2.0 芯片的四个角, 网格的定位准确, cel 文件自动生成:

我们看到，很多 cell 被分到两个格子里去了。也就是说, 至少某个基因的11对探针中的一对的信号被其邻近的属于另一个基因的11对探针中的一对均摊了 - 降低或增高了。这在一定程度上影响这些受牵连基因的表达水平。就以该样品为例，其为三个重复样品之一，在用Pathway Studio分析数据时，该样品在三维分布中远离其他两个同组样品。再用另一新的芯片重新杂交后，该样品与其他两个同组样品聚在了一起。