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对于生命科学领域的各位科学家来说, 美国昂飞公司(Affymetrix)的基因芯片(Genechip)技术并不陌生。其功能之强大, 实为生命科学研究技术的一大革命。但在多年的应用中, 也遇到一些问题。
我们都知道, 在分析数据之前,首先要确定网格的定位(grid alignment)是否准确,否则得到的基因的数据就不准确。但你知道如何确定网格的定位是否准确吗?“很简单吗,检查影像的四个角吗!”- 也许你会这么说。真是这么简单吗?
这是一小鼠 430 2.0 芯片的四个角, 网格的定位准确, cel 文件自动生成:
看上去一切正常。那么看看其他部位的网格定位吧:
我们看到,很多 cell 被分到两个格子里去了。也就是说, 至少某个基因的11对探针中的一对的信号被其邻近的属于另一个基因的11对探针中的一对均摊了 - 降低或增高了。这在一定程度上影响这些受牵连基因的表达水平。就以该样品为例,其为三个重复样品之一,在用Pathway Studio分析数据时,该样品在三维分布中远离其他两个同组样品。再用另一新的芯片重新杂交后,该样品与其他两个同组样品聚在了一起。
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GMT+8, 2024-10-20 04:49
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