GAMESS2013编译使用简记
2014–02–23 21:14:14 初稿
2014–03–08 12:09:09 修订

编译

1. 解压 tar -xzvf gamess-current.tar.gz

2. 环境配置 ./config

   1. 目标平台: 利用uname -a可知, 一般为linux64

   2. 源码路径: 当前路径

   3. 安装路径: 当前路径, 也可使用其他, 如./bin

   4. 版本号: 用作不同版本标识, 默认00

   5. FORTRAN编译器: 根据系统选择. 若使用ifort, 须选择版本

   6. 数学库: 若使用ifort, 则选MKL, 并指定路径如/share/apps/intel/composer_xe_2013.2.146/composer_xe_2013.2.146/mkl.
      若该路径下不存在多个版本MKL, 下一步直接skip

   7. 激活代码编译: 编译actvte.f, 成功, 此程序用于后面编译前源代码的处理
      ifort -o /home/jicun/GMS/tools/actvte.x actvte.f

   8. 网络设置: 并行, 选择mpi

   9. mpi库: 若使用ifort, 可用impi, 并设定路径如/share/apps/intel/impi/4.1.0.030

   10. 使用LIBCCHEM加速MP2和CCSD(T)与否, 须GPU支持. 一般不使用

   配置成功, 会在安装路径内产生install.info和Makefile两个文件, 并提示参看./machines/readme.unix

   实际上, config脚本只适合用于第一次配置环境, 得到install.info和Makefile后, 若想更改设置再次编译, 直接编辑已有的install.info和Makefile即可. 下面是两个文件的内容

   install.info(GMS_MKL_VERNO为12不影响链接时使用MKL 13.0)

   1. #!/bin/csh

   2. #   compilation configuration for GAMESS

   3. #   generated on compute1131

   4. #   generated at Sat Mar  8 12:22:27 CST 2014

   5. setenv GMS_PATH            /home/jicun/GMS

   6. setenv GMS_BUILD_DIR       /home/jicun/GMS

   7. #         machine type

   8. setenv GMS_TARGET          linux64

   9. #         FORTRAN compiler setup

   10. setenv GMS_FORTRAN         ifort

   11. setenv GMS_IFORT_VERNO     13

   12. #         mathematical library setup

   13. setenv GMS_MATHLIB         mkl

   14. setenv GMS_MATHLIB_PATH    /share/apps/intel/composer_xe_2013.2.146/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64

   15. setenv GMS_MKL_VERNO       12

   16. #         parallel message passing model setup

   17. setenv GMS_DDI_COMM        mpi

   18. setenv GMS_MPI_LIB         impi

   19. setenv GMS_MPI_PATH        /share/apps/intel/impi/4.1.0.030

   20. #         LIBCCHEM CPU/GPU code interface

   21. setenv GMS_LIBCCHEM        false

   若使用sockets, 最后几行改为

   1. #         parallel message passing model setup

   2. setenv GMS_DDI_COMM        sockets

   
   

   Makefile

   1. GMS_PATH = /home/jicun/GMS

   2. GMS_VERSION = 00

   3. GMS_BUILD_PATH = /home/jicun/GMS

   4. include $(GMS_PATH)/Makefile.in

   
   

3. 编译 ./compall >& compall.log. 请耐心.
   ifort的编译选项, 可在comp文件1870行修改,
   可增加-xHost -axAVX -opt_report -static
   优化默认为-O2, 也可使用-O3 -fast, 但须测试

4. 编译ddi库: cd ddi; ./compddi

5. 链接 ./lked GAMESS 00 >& lked.log
   静态链接, 可在1393行增加-static-intel
   使用-static可能会选项-lrt冲突, 从而导致链接失败

使用

rungms File.inp #version Ncpu PPN

脚本中需要修改的地方

• 62–65: 设定mpi和路径

• 95: 若使用的PBS系统不能自动创建以作业号为名的文件夹, 须修改为

  1. set SCR=$SCR/$PBS_JOBID

  2. mkdir -p $SCR

• 828: 设定mpiexec路径

• 843: 此行以后, 清除运行过程中产生的中间文件, 可惜同时也会把输出文件清除, 可添加exit语句, 保留所有中间文件, 自行处理.

实际上, rungms脚本为照顾不同系统使用, 添加了很多与系统相关的代码, 若只在特定系统下运行, 可将其他系统相关的代码删除.

IMPI并行时可能的问题

• open_hca: device mlx4_0 not found Unwanted output

• 计算完成后, 最终输出显示

  gamess.00.x: dapl/common/dapl_evd_util.c:1187: dapli_evd_cqe_to_event:

  Assertion !“Invalid Operation type”’ failed.

  同时dump一个很大的core.xxx. 原因未明. 可能与IMPI库有关. 可利用ulimit -c 0关闭吐核.

• undefined references when compiling with -fast on Intel MPI