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我使用的VMD初始化脚本

已有 12145 次阅读 2017-1-11 22:51 |系统分类:科研笔记

2017-01-11 22:28:27

我一直不喜欢用VMD, 除了其界面复杂, 鼠标操作模式老旧以外, 初始的显示模式也很简陋. 话虽这样说, 但有时还不得不用, 因为目前看来使用VMD查看轨迹还是最高效的. 毕竟, 人家名字就是 VVVVVVVV MD.

其实, 我们可以自定义VMD的初始显示模式, 让它变得友好一些. 这些设置可以放在和vmd.exe相同的目录下, 文件名称一般是vmd.rc. 这是VMD用于初始化的脚本, 我们可以在里面加上自己的tcl脚本, 满足自己的需要.

下面是我使用的VMD初始化脚本, 和原先的相比, 主要改动有三点:

使用正视图而不是默认的透视图
有盒子大小信息时, 自动显示盒子
增加了一段tcl脚本, 根据分子情况决定其显示模式
- 蛋白质: newcartoon, 根据stucture着色
- 核酸: newribbons, 根据segname着色
- 水分子: 个数300以下, lines; 300以上, points
- 其他非标准残基, 配体: 原子个数500以下, CPK; 500以上, lines
- 不成键的原子(主要是离子和单个的氧原子): VDW

在这种模式下, 载入结构后看起来很清晰, 大多时候也无须自己再手动添加不同的表示模式, 方便不少.

vmd.rc
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113	#############################################################################cr#cr (C) Copyright 1995-2007 The Board of Trustees of the#cr University of Illinois#cr All Rights Reserved#cr######################################################################################################################################################### RCS INFORMATION:## $RCSfile: .vmdrc,v $# $Author: johns $ $Locker: $ $State: Exp $# $Revision: 1.9 $ $Date: 2007/01/12 20:12:44 $############################################################################## DESCRIPTION:## VMD startup script. The commands here are executed as soon as VMD starts up############################################################################# turn on lights 0 and 1light0 on light1 on light2 off light3 off # position the stage and axesaxes location lowerleft stage location off # position and turn on menusmenu main move 5225menu display move 39530menu graphics move 395500menu color move 125225menu files move 125325menu labels move 125525menu render move 125525menu main on #menu display on#menu graphics on#menu color on#menu labels on#menu render on#menu files on# start the scene a-rockin'# rock y by 1# User's default values for newly loaded molecules/reps, etc# mol default color {colorID 5}# mol default style {NewCartoon 0.300000 6.000000 4.100000 0}# mol default selection {name CA}# mol default material {Transparent}display projection orthographic after idle {foreach molid [molinfo list]{mol delrep 0$molidset sel [atomselect$molid{protein}]if{[$selnum]}{mol selection {protein}mol representation newcartoon mol addrep $molidmol modcolor 0$molid structure }set sel [atomselect$molid{nucleic}]if{[$selnum]}{mol selection {nucleic}mol representation newribbons mol addrep $molidmol modcolor 1$molid segname }set sel [atomselect$molid{water}]set num [$selnum]if{$num}{mol selection {water}if{$num<900}{mol representation Lines }else{mol representation Points }mol addrep $molid}set txt "not(water or resname DA or resname DG or resname DT or resname DC or resname ALA or resname ARG or resname ASN or resname ASP or resname CYS or resname GLN or resname GLU or resname GLY or resname HIS or resname HOH or resname ILE or resname LEU or resname LYS or resname MET or resname PHE or resname PRO or resname SER or resname THR or resname TRP or resname TYR or resname VAL)"set sel [atomselect$molid"$txt"]set num [$selnum]if{$num}{if{$num<500}{mol representation CPK }else{mol representation Lines }mol selection "$txt"mol addrep $molid}set txt "numbonds=0"set sel [atomselect$molid"$txt"]if{[$selnum]}{mol selection "$txt"mol representation VDW mol addrep $molid}}pbc box }

vmd.rc

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113

#############################################################################cr#cr            (C) Copyright 1995-2007 The Board of Trustees of the#cr                        University of Illinois#cr                         All Rights Reserved#cr######################################################################################################################################################### RCS INFORMATION:##       $RCSfile: .vmdrc,v $#       $Author: johns $        $Locker:  $                $State: Exp $#       $Revision: 1.9 $      $Date: 2007/01/12 20:12:44 $############################################################################## DESCRIPTION:## VMD startup script.  The commands here are executed as soon as VMD starts up############################################################################# turn on lights 0 and 1light0 on
light1 on
light2 off
light3 off

# position the stage and axesaxes location lowerleft
stage location off

# position and turn on menusmenu main     move 5225menu display  move 39530menu graphics move 395500menu color    move 125225menu files    move 125325menu labels   move 125525menu render   move 125525menu main      on
#menu display  on#menu graphics on#menu color    on#menu labels   on#menu render   on#menu files    on# start the scene a-rockin'# rock y by 1# User's default values for newly loaded molecules/reps, etc#  mol default color {colorID 5}#  mol default style {NewCartoon 0.300000 6.000000 4.100000 0}#  mol default selection {name CA}#  mol default material {Transparent}display projection orthographic
after idle {foreach molid [molinfo list]{mol delrep 0$molidset sel [atomselect$molid{protein}]if{[$selnum]}{mol selection {protein}mol representation newcartoon
			mol addrep $molidmol modcolor 0$molid structure
		}set sel [atomselect$molid{nucleic}]if{[$selnum]}{mol selection {nucleic}mol representation newribbons
			mol addrep $molidmol modcolor 1$molid segname
		}set sel [atomselect$molid{water}]set num [$selnum]if{$num}{mol selection {water}if{$num<900}{mol representation Lines
			}else{mol representation Points
			}mol addrep $molid}set txt "not(water or resname DA or resname DG or resname DT or resname DC or resname ALA or resname ARG or resname ASN or resname ASP or resname CYS or resname GLN or resname GLU or resname GLY or resname HIS or resname HOH or resname ILE or resname LEU or resname LYS or resname MET or resname PHE or resname PRO or resname SER or resname THR or resname TRP or resname TYR or resname VAL)"set sel [atomselect$molid"$txt"]set num [$selnum]if{$num}{if{$num<500}{mol representation CPK
			}else{mol representation Lines
			}mol selection "$txt"mol addrep $molid}set txt "numbonds=0"set sel [atomselect$molid"$txt"]if{[$selnum]}{mol selection "$txt"mol representation VDW
			mol addrep $molid}}pbc box
}

当然, 这个初始化脚本只有在命令行中启动VMD时才会自动加载的. 如果你是使用界面来载入分子, 那它是不会起作用的. 建议大家还是习惯使用命令行来启动VMD吧, 毕竟可以节省不少时间, 且有助于预防鼠标手.

命令行启动VMD加载分子没有你想象得那么高深. 对Windows 7及以后的系统, 将vmd.exe所在的目录添加到Path环境变量后, 到分子结构文件所在的目录下, 不要选中任何东西, 按住Shift键, 在界面空白处鼠标右键, 选择在此处打开命令窗口打开CMD, 然后在其中输入vmd file.pdb就可以直接打开file.pdb了. 查看GROMACS的轨迹文件, 则可以使用vmd conf.gro traj.trr或者vmd conf.gro traj.xtc. 其他格式的文件, 也是类似.

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