Cell. 2010 Sep 3;142(5):810-21.
The protein composition of mitotic chromosomes determined using multiclassifier combinatorial proteomics.
Ohta S, Bukowski-Wills JC, Sanchez-Pulido L, Alves Fde L, Wood L, Chen ZA, Platani M, Fischer L, Hudson DF, Ponting CP, Fukagawa T, Earnshaw WC, Rappsilber J.
Wellcome Trust Centre for Cell Biology, University of Edinburgh, Edinburgh EH9 3JR, UK.
Abstract
Despite many decades of study, mitotic chromosome structure and composition remain poorly characterized. Here, we have integrated quantitative proteomics with bioinformatic analysis to generate a series of independent classifiers that describe the approximately 4,000 proteins identified in isolated mitotic chromosomes. Integrating these classifiers by machine learning uncovers functional relationships between protein complexes in the context of intact chromosomes and reveals which of the approximately 560 uncharacterized proteins identified here merits further study. Indeed, of 34 GFP-tagged predicted chromosomal proteins, 30 were chromosomal, including 13 with centromere-association. Of 16 GFP-tagged predicted nonchromosomal proteins, 14 were confirmed to be nonchromosomal. An unbiased analysis of the whole chromosome proteome from genetic knockouts of kinetochore protein Ska3/Rama1 revealed that the APC/C and RanBP2/RanGAP1 complexes depend on the Ska complex for stable association with chromosomes. Our integrated analysis predicts that up to 97 new centromere-associated proteins remain to be discovered in our data set.

使用多级组合蛋白质组学确定有丝分裂染色体的蛋白质组成
Abstract
尽管研究了很多年，我们对有丝分裂染色体结构和组分的特性仍旧所知甚少。这里我们描述了使用集成定量蛋白质组学和生物信息学分析手段产生了一系列独立类别，它们描述了从染色体组分离得到的大约4000种蛋白质。使用机器学习整合这些分类揭示了完整染色体环境中蛋白质复合物的功能联系并且发现了大约560种未被描述的蛋白质，方便了进一步研究。 事实上，在34个预测的GTP连接的染色体蛋白质中，30个是染色体特有的，包括13个着丝粒相关的蛋白质。在16个预测的GTP连接的非染色体蛋白质中，14个是非染色体特有的。一个敲除了动粒蛋白Ska3/Rama1的全染色体蛋白质组公正的分析显示了APC/C和RanBP2/RanGAP1复合体依赖Ska复合体来维持和染色体的稳定联系。我们的综合分析预测了在我们的数据集中需要发现的多达97个新着丝粒相关的蛋白

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