WIN7下TASSEL5软件在窗口下可以进行多任务处理，但是不能够自动化，TASSEL5软件另外提供了管道命令（pipeline），可以进行批处理来减少重复性劳动。管道命令介绍参照附件Tassel_Pipeline_Tutorial20160330.pdf。

典型的MLM（混合线性模型）分析管道命令如下：

       perl run_pipeline.pl

       -fork1 -h genotype.hmp -filterAlign -filterAlignMinFreq 0.05        注：导入基因型数据并过滤

       -fork2 -r trait.txt                                         注：导入表型数据

       -fork3 -r pop_structure.txt -excludeLastTrait               注：导入群体结构数据

       -fork4 -k kinship.txt -combine5 -input1 -input2 -input3 -intersect -combine6 -input5 -input4 -mlm -mlmVarCompEst P3D -mlmCompressionLevel None -export result       注：导入kinship矩阵，合并表型、基因型和群体结构，设定MLM参数

不同的Plugin以灰白背景区分。管道命令的具体用法见附件Tassel5PipelineCLI.pdf。

在此基础上结合批处理实现对33个基因型数据的MLM分析：

       for /l %%i in (1,1,33) do

       perl run_pipeline.pl

       -fork1 -h ./hmp/%%i.hmp -filterAlign -filterAlignMinFreq 0.05

       -fork2 -r trait.txt

       -fork3 -r pop_structure -excludeLastTrait

       -fork4 -k kinship -combine5 -input1 -input2 -input3 -intersect -combine6 -input5 -input4 -mlm -mlmVarCompEst P3D -mlmCompressionLevel None -export result%%i

将以上脚本保存为bat格式，放在TASSEL5的安装目录里，其它数据也放在安装目录中。

Tassel_Pipeline_Tutorial20160330.pdf

Tassel5PipelineCLI.pdf