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如何制作发表质量的Venn(维恩)图

已有 37381 次阅读 2011-6-27 00:07 |个人分类:Bioinformatics|系统分类:科研笔记| Venn, 发表质量

如何制作发表质量的Venn(维恩)图
--在Venn(维恩)图中根据数据比例调整集合的大小

   通过不同方法,对于不同的研究对象,你可能得到不同的列表。比如不同表达模式的基因,不同
矿物的组分,以及不同特征的人群......接下来,你可能希望把它们用集合的形式显示出来,看看各部分的交集,以及哪些类别较多。最简单的方法是用PPT画出不同的圈圈,然后标上数字。如果想让不同交集的尺寸随着数字的大小而调整,可能需要花上一点功夫。 这里有一个一劳永逸的方法(Vennerable package),轻松获得和高水平文章上类似的Venn(维恩)图

    简单搜索了一下,网上还没有中文的相关文档,或者一些文档对R语言有一定的要求。于是,写了一段代码,让会用Excel、 知道R(http://www.r-project.org/)尚没有学习写R代码的同学可以做出相同的图片。把代码贴出来,让需要的同学少走些弯路。


0.  For advanced R User:

Reference to Vennerable package

https://r-forge.r-project.org/projects/vennerable/

 

1.  For R Beginner:

A.   工具安装

   1)安装R环境(选最新版本下载,双击,一直按确定即可)。运行R,打开命令窗口。

   2)安装Vennerable
         输入:
         install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")
        选择服务器,确定

或者:先下载ZIPWindows)文件,然后Packages -- Install from Zip files

        地址:https://r-forge.r-project.org/projects/vennerable/

3)导入Vennerable

          library(Vennerable)

这时R可能通知还需要其它软件包,记下需要的软件,选最新版本下载ZIP文件,并安装,或者在命令窗口输入  install.packages("XYZ"),选择服务器,确定。报错?那就先下载再安装。

B开始工作

   1)准备数据

建立一个Excel表格,包含元素和组别的关系,“是”则大于0,“否”则为0

Name

Shanghai

Beijing

Guangzhou

XiaoWu

0

0

1

XiaoMing

0

1

0

XiaoHan

0

1

1

XiaoGao

1

0

0

XiaoFu

1

0

1

XiaoDai

1

1

0

XiaoChen

1

1

1

XiaoXue

1

0

1

 

这是各位同学去过的不同城市。另存为Tab 分隔的 txt 文件,取个名字比如   travel.txt

注意,演示数据中,最好各种情况都有,数据较少并且分布奇怪,Vennerable可能会不接受。


   2)开始作图(依次把命令拷贝到命令窗口)


   folder<-"D:\data\tongxue"

file<-"travel.txt"

# 告诉R 文件在哪里,叫什么名字,注意是 \

setwd(folder)

read.table(file,header=TRUE,sep="t",row.names=1)->venndata; 

 

library(Vennerable)

#数据整理

probe<-rownames(venndata)

sample<-colnames(venndata)

data<-as.list(venndata)

names(data)<-sample

for (num in 1:length(sample)){

                hit<-venndata[[num]]

                out<-probe[hit>0]

                data[[num]]<-out

}

#数据统计

Vstem <- Venn(data)

Vstem

#数据统计好了


#根据实际,选择作图命令

#  23 分组

plot(Vstem)

# 4 个分组

plot(Vstem,type="ellipses",doWeights =FALSE)

# 5个及以上分组

请参照Vennerable package说明文档

# 1个分组

打开Windows PowerPoint,插入圈图即可。

 

当然可以把命令先拷到记事本中,编辑好后,一次拷入命令窗口。

 

恩,是不是你想要的。接下来,右键拷贝出即可。

-------------------------------------------------------------

这里有不调整集合尺寸的作图方法:

R语言

http://www.ats.ucla.edu/stat/r/faq/venn.htm

非R语言

http://research.stowers-institute.org/mcm/venn.html

如果做四组分类建议用这个(因为Vennerable也不调整尺寸

http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html


其它问题参照Google。



https://blog.sciencenet.cn/blog-285393-459483.html

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